瓖等投降建奴，并引建奴入关，其后又依附闯逆抗拒王师，故诛范氏等八家。并下旨单独设汉奸录以录孔衍植，冯铨，陈名夏，范永斗等诸人以警示后人，另设贰臣录以录钱谦益，熊文举等诸人以警为臣不忠者，又下旨于铜瓦厢铸侯恂父子跪像以惩奸佞。
崇祯二十一年正月初五。
帝下旨改军制。
以荡寇军为大明陆军，并依天子六军之制，设大明陆军一至六军，每军四步兵镇，每镇四步兵旅一骑兵旅一炮兵旅，军设重炮旅，工兵旅，重骑兵旅合计十万官兵。另设大明海军，分南北二洋舰队及岸防镇守府，以江宁侯张名振为北洋舰队提督，以郑鸿逵为南洋舰队提督，并设南洋宣慰使于崖州，以郑鸿逵兼南洋宣慰使，率郑和号等二十艘战舰下南洋宣慰诸国。
悉罢其他各军。
初设西北经略使。
以宣大巡抚淮安侯堵胤锡为西北经略使，驻兰州，禁绝西藩xie教，有信之者夷九族，以陆军第一军属西北经略使。
设东北经略使。
以开平侯陈忠为东北经略使，驻辽阳，陆军第二军属东北经略使，以追剿建奴余孽，镇抚蒙古及索伦各部。
设西南经略使。
以延平王郑成功为西南经略使，驻昆明，陆军第三军属西南经略使，以讨伐缅甸，收复缅北各土司地。
并设倭国及琉球宣慰使。
以崇明伯沈廷扬为倭国及琉球宣慰使，驻镇东府，既原倭人所称之种子岛，倭国，琉球皆属之，并以倭人所称之北海道非其旧地，乃毛人所居，一并收归朝廷，设立安远直隶州，倭国萨摩藩藩主岛津光久拒不认罪，诏倭国及琉球宣慰使继续讨伐，并增设海军陆战队一镇驻镇东府专司其事。
崇祯二十一年十月一日。
东北经略使开平侯陈忠奏报克伪清兴京，伪帝豪格自缢，俘八旗男女六万口，建州平，然尚有余孽窃据朝鲜各地。
诏其追击，除恶勿尽。
并以朝鲜国王收容逆党，久不入朝责之，朝鲜国王认罪，帝赦之，但以其治国无方，移封汝南郡王，并赐亲王衮冕，收朝鲜地以汉江为界，分乐浪承宣布政使司及永顺承宣布政使司。
朝鲜又逆臣不欲内附，劫汝南王于汉城，分兵守各地以拒王师。
诏江宁侯以海军讨之。
十一月四日。
江宁侯率海军陆战队第二镇于仁川登陆，五日攻破汉城，擒拿逆党并解救汝南王，汝南王涕泣叩谢圣