北京的形势尘埃落定后，杨亲王安安心心等着当皇帝就行了，他并不担心奕劻耍花招，庆王爷是个聪明人知道分寸，就他手中那万把人，不够杨丰吐口唾沫淹死的。
当上海军大臣后，杨丰重新安排了他手中的舰队，速度缓慢的定镇七远加逐远，松岛以北洋舰队番号北上进驻旅顺和威海，舰队司令丁汝昌，同时对原来的岸防部队进行整编，在大量调入他亲信的情况下扩编成两个师级要塞守备队，另外由原本秦皇岛驻军接管大沽口，组建渤海防御司令部，以陈忠为司令常驻旅顺口兼任旅顺要塞司令，李鸿章外甥张文宣为威海要塞司令，原来的大沽口守将罗荣光和部下南调吴淞要塞。
另外组建东洋舰队，以新加入的海圻号为旗舰，再加海天，海琛，掠夺者，浪速，高千穗五舰，刘步蟾为舰队司令兼定海要塞司令，基地为新建的定海军港。设立长江口防御司令部，以湘军老将陈湜为司令兼吴淞要塞司令，同样组建师级的吴淞，定海要塞守备队，除此之外还给陈湜单独配备江防舰队，把原来张之洞，刘坤一手中的小军舰全集中在长江口，另外给他四艘驱逐舰，同时改建江南造船厂，在建造高速驱逐舰的同时大量建造鱼雷艇和炮艇。
剩余的苍龙和凤翔两艘巡洋舰再加上十艘驱逐舰组成南洋舰队，以他自己手下的亲信王松为司令，这支舰队当然还包括了所有登陆舰，虽然现在它实力最弱，而且还分别驻扎马尾，打狗和广州，但用不了多久就会有四艘苍龙级装甲巡洋舰加入，正在建造中的万吨战列舰也将属于这支舰队。这样未来的皇家海军三大舰队就完成组建，未来一旦有大规模战争。这三大舰队主力将编成联合舰队，北部作战以旅顺口和威海卫为基地，南部作战以定海军港为基地，组建珠江口防御司令部，以李鸿章部下聂士成为司令兼虎门要塞司令，兼管马尾要塞。
整理海军的同时，陆军也在进行整理，将张之洞手中两镇自强军，刘坤一手中一镇长捷军，李鸿章手中两镇定武军和五个师的忠勇军进行混编。同时按照忠勇军标准征召新军重新编成十一个忠勇军标准的陆军师，名字都很干脆的以陆军第一到十二师命名，然后设立武汉军区，以李云聪为武汉军区司令，率领三个师驻防武汉，名义上只负责两湖防务，实际上为以后进入四川做准备。
设立南京军区，负责两江及浙江防务，司令由徐邦道担任。下属同样三个师，其中两个在江北，这样就对非杨丰所属的安徽，河南。直隶，山东形成平推之势，再加上渤海防御司令部所属各军，恍如泰山压顶般盯