谜团的中开始抽丝剥茧。
试想一下，要是人脑可以如同《超体》中所演变的那样让整个世界全部解密，那《黑客帝国》中程序编制而成的世界完全可以存在，因为这个世界本来就是一堆代码，我们的眼睛就像是电脑，代码通过程序的演变成为现实世界，在我们发现这些东西之前。什么‘量子力学’只不过是一种猜测，还是一种愚蠢的猜测，甚至都可以不用提。那一切就都说得通了。
剧情可以这样安排，一位科学家一直都以自己疯狂的想法被世人鄙夷，可他女儿在一次恐怖行为当中的死让他必须要查出真凶。此刻，恐怖行为的制造者却又一次宣布了自己的下一个袭击目标，声称马上就要实施恐怖行为。那么，留给这么科学家的时间就不多了，为了死去的女儿。为了不让下一次恐怖行动到来，他宁愿冒风险去做一些非法实验。
这个时候科学家说服了自己的助手，开始从医院里频繁偷濒临死亡的重症患者。只是这些患者要么因为身体过于虚弱无法承受实验而死亡，要么无法和自己女儿的记忆融合而导致实验失败时，科学家选择了军医院，因为受伤的军人身体更强壮。在这个死马只能当活马医的时刻里。科学家和自己助手从医院中偷出了濒临死亡的主角，实验就此成功。
如此一来，剧本就避过了审核的关卡，科学家即是为了拯救被下一次恐怖行为袭击的民众，也是为了查找出害死自己女儿的真凶，还和政-府无关，只要最后被抓捕归案，一切都不是问题。关于科学家为什么会有如此精良设备的问题可以改成他原本就拥有一个实验室。这是某家大公司因为他之前的科学成就投资的。
避过了这道关卡，接下来的剧情完全可以按照原片中发展。科学家为了让身为军人的主角对其言听计从，编造了一个‘这是国家行为，军人以听从命令为天职’的谎言，主角就此献身。通过一次次读取存档，主角发现了科学家的真正目的，在科学家举证出恐怖袭击的新闻时，主角这才相信了他这么做并不是为了自己。身为军人，还是一个面临死亡的军人，主角决定为了即将被恐怖行为袭击的民众搏一搏。
这个时候，主角才和火车上教师记忆完全融合，关键是科学家女儿对科学家的理论深信不疑，还专门帮助科学家进行各种计算、参与各种实验，于是，一个关于整个世界都由代码编辑而成的理论在科学家女儿相信了主角之后，全部出现在主角的世界里（科学家女儿先告诉主角，行动失败回到实验室后，科学家补充），重新编写程序就能够改变整个世界的时间顺