中国和日本之间的往来关系可以追溯到很久很久以前了，汉代的时候双方就有所联系，到了东汉时期汉明帝还曾经赐给过当时的倭国一枚金印，而中国和日本之间的战争史可以追溯到大唐高宗时代的白江口之役，百济倭国联军被刘仁轨所率领的唐军彻底击溃，倭国和百济的水师也被全部消灭，时为第一次中日战争，自此之后，日本老实了很久。
而在后来，到了南宋灭亡的时代，也就是部分史学者所认定的中华文明一蹶不振的时代，崖山之役过后，日本举国为宋庭披麻戴孝，哀悼宋庭的亡国，并对之后蒙元的入侵进行了激烈的抵抗，到了蒙元被大明王朝推翻之后，日本对于中国的态度就大不如前了，他们中有很多人固执地认为明庭已经不是那个天朝上国，天朝上国在宋之后就灭亡了。
也有些人秉持自己的观念认为明庭就是中原正统，而有些野心勃勃的人已经把自己视为了中原正统，遂有后来的万历朝鲜之役，所谓倭寇之祸和日本与中国之间的问题并没有直接联系，倭寇之祸的直接导火索是日本的战国时代所造就的大量无主破产武士和大明王朝的海禁命令。
可以说经济因素才是导致倭寇之祸的根本原因，倭寇是在日本内战中战败的那一方的流浪武士所组成的，而流浪武士是有限的，被明军差不多消灭之后，就基本上没有了。随着日本的逐渐统一，这种武士会越来越少，所以到了最后，倭寇已经基本上是中国人自己组成的海上走私集团。
因为对朝廷的海禁政策非常不满意，东南沿海的靠海生活的居民的极端困难，遂有中国人借日本人之名义进行走私活动，所以了解内情的当地明朝官员就上书给皇帝，指出倭寇之祸在于海禁，海禁若开，倭患自解。
海禁政策解除之后。倭寇的祸患便消弭于无形。那些扮成日本人的中国海民终于恢复了自己的身份，“倭寇”就自然而然的消失了，倭寇之祸，其实到了中后期。就可以看作是中国东南沿海的民众对朝廷海禁政策的武装反抗。外地调来的平叛军不知道内情。那些沿海当地居民可是知道的，所以冠军屡次想要剿灭倭寇就是不成功，其实这就是人民战争的威力。
明庭妥协之后。倭患消失了，日本政府对此并没有直接的责任，而真正的第二次中日战争，是由丰臣秀吉所发动的万历朝鲜之役，也称作朝鲜壬辰卫国战争，这才是中日的第二次交战，和第一次游刃有余不同，中国在持续衰弱，而日本在持续增强自己的力量，数百年的时间里面，原本巨大的差距基数也会被渐渐地缩短。