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太平天国的路过和斋桑泊的血腥战斗，当然是奠定了大明帝国在新疆的军事优势。不过要将新疆变成大明帝国的一个省，实行同汉地一样的制度，却不是单凭军事优势就可以达成的。新疆这个地方，终清一世（当然是这个时空的清朝）都是个火药桶，先是准噶尔百年战争，然后是大小和卓之乱，再是张格尔之乱。
而这一回更是乱得出了奇，先是喀什噶尔和卓家族的七和卓（都是大和卓波罗尼都的后人，张格尔和玉素普的子侄）在浩罕汗国的支持下反攻倒算。历史上就有个七和卓之乱，不过没有闹大，这回却借着反清复明战争做大了。一度占有整个新疆，还成立了一个哲德沙尔汗国。
可惜分裂国家的好梦没有做几天，打着十字军旗的太平军就像蝗虫一样浩浩荡荡打过来了，这个什么劳什子汗国当然不是对手，好不容易组织起来的几万人马也让太平军杀了个七七八八，连前来助拳的浩罕、布哈拉、希瓦三汗国的三万人都被赶尽杀绝了。不过新疆的地盘太大，造反派又太多，太平军这回急于过境，杀人也不算多。因而各路牛鬼蛇神还都保存着一些实力。特别是在天山以南地区，原来叶儿羌汗国的地盘上面，七个和卓还据着不少地盘在苟延残喘。
其中卡塔条勒占据喀什噶尔，倭里罕占据了刚刚被西清放弃的叶儿羌，克齐克罕和塔瓦克尔分别占领了和阗的东西两部。萨比尔罕据着天山南麓的库车。阿克恰于领有阿克苏。伊善罕则据有乌什。除了旧土尔扈特部四旗所占有的珠勒都斯河流域，当李鸿章抵达迪化州巩宁城的时候，整个南疆几乎都在和卓家族的控制当中。
除了和卓家族，蒙古人在新疆的势力也不小。北疆原是准噶尔汗国的地盘，在准部灭亡之后不久，原来生活在俄国人地盘上的土尔扈特部、和硕特等部归顺，被清政府置于伊犁、塔尔巴哈台、喀喇沙尔、库尔喀喇乌苏等地。一共置了五盟十四旗。天山南北和伊犁河谷地都有，有些蒙古部落还和h部杂居。不过没有什么来往，关系也不大好。另外，在新疆的伊犁谷地和塔尔巴哈台还有驻防的八旗蒙古，他们和土尔扈特部、和硕特等部不一样，不属游牧蒙古，而是八旗子弟的一部分。不过在朱济世拿到蒙古大汗的名分之后，这些驻防新疆的八旗蒙古也都把自己的旗人身份丢在一边，基本上没有人在追随西清皇帝奕詝了。
而现在李鸿章所辖的明军控制之下的地盘，不过是东疆的哈