对军队的清理不仅在核心队伍中进行，在对俘虏中留用乃至征集挑选出来的七万余治安军中也广泛的展开了。所不同的是对这些并非核心力量的“外人”按照举报和口供两相核实就可以决定的原则来进行，在这些队伍中一时件也有近千人被翻出旧案，数百人被严刑处决。
当初处斩上千人，关押百人的清洗不但在队伍中的战兵部队和原工匠营组成的核心队伍中带来了震撼，也同样震撼了新组建不久的治安军各营。
在队伍之外，原本视张海等人为闯入城内的贼寇的不少人也对这股力量的印象大为改观，虽然举人以上受到抄掠和严惩的那些利益群体不可能有多少人投靠，但在采购和采办乃至经济动员等许多事物上原本让张海隐隐感到的消极对抗情绪却削弱了很多。
在青州之战前利用工匠营的人做为战勤和辅兵实际上是一种扩军时兵源匮乏的迫不得已之举。在完成了对部队的清理后，张海对队伍进行了重新的整编：
近卫一营、二营、三营三个两千人左右的营群十二个连群正式升级扩编为三个步兵旅、十二个步兵营，三十六个步兵连。虽然战兵部队在清洗中也有所损失，但在补充了柳香等人从江北带来的山东挑选征集并经过了一月之久训练的少年新兵后仍然保证了扩军后每连一百六十步兵官兵、总计近六千官兵左右的规模。十二个步兵营在获得了一些青州新造的补充装备后所拥有的炮兵规模重新恢复到了青州之战前张家新军全军所拥有的炮兵数量，不过炮连的规模有所精减，拥有七十二门九斤弹青铜炮及二十四门臼炮及其所配属的一百几十吨炮弹被分属到了十二个炮兵连近两千人左右的炮兵队伍中。每个炮兵连所携带的火炮少了，但是所携带的炮弹并没有减少多少。加上营指挥力量及必要的通信联络机构，整个南京城内张家新军的核心力量重新恢复到八千七百人、两千多匹马的规模。
在武器装备方面：加上出征后的一个半月青州府内新造并由柳香等人带来的两万余支旧铳及相营的弹药。仅在南京三个步兵旅八千七百余人所拥有的臼铳总数达到四万五千余支、经过补充和整备后弹丸总数重新恢复到三十余万发，所能跟随队伍携行的就超过十八万发。而九百名左右的弓手所能携带的箭支总共只有五万余支箭左右。
从火力和弹药上来说，火炮和臼铳等火器暂时成为队伍主要的战斗力构成，除了这些兵器最容易在比较短的时间内形成战斗力并被新兵所掌握外，经过简单改进后的臼铳和火炮在这江南阴雨之地更能保证战斗力的可靠性是