比拿战时代的葡萄弹还大了不少的六两的重铅弹飞到一千八百米远左右的射程边缘仍然有着钝杀伤重装步兵的威力，但对于不少砖瓦石房内的人却并没有能力构成多大伤害了。可城头上的二十四门长炮在三十轮开中打出的近两万发重铅弹却足足杀伤了云集在宫城附近的近一成守军，着实引起了不小的骚乱。在这不过一顿饭左右的时间内，在城头指挥下径直从各个方向上突向宫城的第三旅步兵营就逼近到距离宫城很近的地方。利用配属各营的铜鼎炮和长炮在弓箭抛射边缘的射程上对宫城内的敌兵展开了抵近射击。
在突击过程中队伍也时不时遭遇了城内一些“见义勇为”的武士们零散的袭击，这些人的数量还不少，但宫城主要地区都遭到炮火压制的情况下却难以有效的调动指挥，在进攻通道上队伍遇到的上千零星抵抗的敌人虽然给队伍带来了几十人的伤亡，却也连迟滞的作用都没有起到多少。当三个主力营的队伍在京都宫城外完成了汇集组成了比较有效的战线后，从后面包抄过来的敌人也遭到了一边岛般的杀伤。
京都城一带有自己的武装力量，可武装力量的规模比江户一带少了很多。没有周边随时可以动员的八万旗本武士以及二十万大军，兵力仅仅只有江户一带的四分之一，还不到进攻的第三旅群兵力规模的十倍。
在这种情况下，战斗呈现出一边倒一般的态势，宫城附近云集起来的大军在又遭到了猛烈枪弹炮火的横扫后还不到一刻种的时间就土崩瓦解了，而做日式城镇似的核心堡垒，也在猛烈的炮击下被打的千创百孔，石垒率领部队从唐门、永明门、日华门、月华门等各个方向上冲入了京都宫城。
明清时代的中国皇宫内宫女太监护卫等等人数繁多，此时的日本天皇皇宫可没有那样的排场，不少人还都躲了起来，使在炮火下遭到沉重打击的整个宫城显得鬼气森森。可强悍的战斗力使的新军主力部队敢于分成以班为单位的分队行动，在二百多个分队的扫荡下很多躲避在宫内的敌人及非武装的宫女仆从不是被消灭就是被俘虏后集中起来看管。
巷战给新军战斗力终究打了不少折扣，面对经常处于暗处的敌人第三旅的部队在最终的清理行动中伤亡累计达一百七十余人，伤亡比差距同正常的野外交战缩小为原来的三分之一。但这并不妨碍整个突击作战行动以最快的速度达成了。
为了避免给之后的抄掠还有吃大户带来麻烦，石垒也觉得宁愿多承受几十人的伤亡，也应该避免一入城就用放火解决问题。虽然哪怕是京都，这些建筑也往往