时期金陵地区的行政设置变动最大，主要是扬州大都督府自金陵移至江都，金陵被降为一般的州县，并且屡改州县的名称与隶属关系。当时的通称以“金陵”最为常用，隋代常称“蒋州”，唐代常称“白下”、“上元”、“江宁”、“昇州”等。具体说来，隋军灭陈后，废丹阳、建业二郡，又废建康、丹阳、费、江乘、临沂、同夏、湖熟等县，仅保留江宁县，与溧水县同属设在金陵石头城的蒋州管辖，堂邑县则改称六合县，归江都郡管辖。隋炀帝时又改称蒋州为丹阳郡。唐代曾改江宁县为归化县，又改归化县为金陵县，再改金陵县为白下县，复改白下县为江宁县，最后改江宁县为上元县，并隶属于州治先后设在延陵(今丹阳市延陵镇)、丹徒(今镇江市)的润州，郡治先后设在丹徒、江宁的丹阳郡、江宁郡，以及州治先后设在江宁、上元的昇州管辖。昇州辖有上元(江宁)、溧水、溧阳、句容四县。六合县则属扬州管辖。
五代十国时期，杨吴在金陵设昇州大都督府，又分设上元、江宁二县，旋改界州大都督府为金陵府，并定为西都。南唐建国后定都金陵，改金陵府为江宁府，辖上元、江宁、溧水等县，并曾在六合设置雄州。
北宋初，改江宁府为昇州，不久又复名江宁府，辖上元、江宁、溧水、溧阳、句容等县。南宋改江宁府为建康府，并先后为江南东路及江南路(相当于元明清的省一级)的治所，建康府仍辖北宋江宁府属的五县。六合县则属真州。
元代初年仍名建康府，旋改称建康路，后又名集庆路，先后隶属于江淮行省和江浙行省，并一度成为管辖江浙、江西、湖广三省的江南诸道行御史台的治所。集庆路辖有上元、江宁、句容三县及溧水州和溧阳州。六合县则属扬州路。
明代建国后，于１３６８年以应天府(朱元璋于１３５６年改集庆路为应天府)为南京，１３７８年定南京为京师，１４２１年明成祖以北京为京师，恢复南京之名，作为留都。应天府在明初时辖上元、江宁、溧水、江浦、句容、溧阳六县，后加辖六合、高淳二县。
清代初年，改南京为江南省，改应天府为江宁府，所辖八县如故。后江南省分为江苏、安徽两省，江宁府隶属于治所设在苏州的江苏巡抚管辖，但管辖江苏、安徽、江西三省的两江总督衙门设在江宁。
太平天国时期，改江宁府为天京，并以天京为中心设天京省，以江浦为中心设天浦省。后清军攻陷天京，又复名江宁府如故。
辛亥革命后，中华民国定都于江宁府，并改江宁府为