理学家约翰尼斯·斯塔克（JohannesStark）的文章，称海森堡是所谓的“白色犹太人（也就是虽然身体不是犹太人，内在灵魂却是）”，并罗织了一系列的罪状，包括在党刊上发文章捍卫讲授相对论、在1934年斯塔克写效忠信时海森堡拒绝签名、继续在研究所聘用犹太人等等。更可怕的是文章的副标题，称海森堡是“物理学的奧西茨基（奧西茨基因为反对纳粹于1933年被捕，获颁1935年诺贝尔和平奖，并在集中营遭受虐待和酷刑，于1938年柏林的医院病逝。奧西茨基获诺奖后，希特勒随后禁止德国人领取诺贝尔奖）”，被逼到墙角的海森堡选择直接给教育部长、党卫队全国领袖海因里希·希姆莱（HeinrichHimmler）写信，要求他们为自己平反，恢复名誉。与此同时，他也准备好了，如果得不到当局支持，就只能离开德国。在给恩师阿诺德·索末菲（ArnoldSommerfeld）的信里，他写道：“如今，我真的看不到其他的选择，如果我捍卫名誉的举动得不到支持，就只能请辞。然而，我觉得还是先问问您。您知道对于我来说，离开德国会是多么痛苦，除非到万不得已我不会这么做。然而，如果是作为二等人，活在这里也什么劲”。
经过长达一年的调查后，1938年的7月21日，海森堡收到了希姆莱的信，信里说，他不赞同那篇文章的指控，并禁止今后再发生对他的攻击。在经历这场可能导致其“身败名裂”的风波后不久，二战爆发。1939年的9月25日，当以前的助手埃利希·贝克（ErichBagge）找上门来，希望其参与德国的核武器开发时，海森堡找不到任何可以拒绝的理由。他欣欣然前往，并在短短三个月内便全力以赴完成了理论分析报告的上半部分，为德国的核武器研制勾画了蓝图。他十分清楚地知道，要得以安身立命就需要信任，而得到信任是多么困难。
“所以，你觉得就像在战时的‘阿尔索斯任务（AlsosMission，盟军由少量的情报人员、军人与科学专家组成，他们与前线作战部队配合，搜寻任何与军事科研相关的资料、财物、科学家，赶在苏联甚至盟军接触到之前完成销毁或转移的计划）’和战后的‘回形针行动（OperationPaperclip，美国战略情报局在1945年启动的一项计划，旨在将超过1600名纳粹德国科学家和工程师秘密送往美国，让他们为美国的军事和科技项目工作）’中投靠美国的纳粹科学家一样，沃纳·海森堡教授的阵营立场在纳粹还没有倒台前