在最新的《骇客帝国：矩阵重启》剧情中曾多次提到的「母体」这个核心概念，是从“机器人革命”开始。
人类在不惜一切代价甚至用黑云永远遮蔽了太阳依然输掉与机器军团的末日大战后，就不再被当为平等的高级物种，变成了被从小豢养在电池农场，为机器城市提供能量的生物电池。但后来机器军团发现与其虐待人类，迫使其陷入精神内耗严重影响生物能量供应的稳定，不如给人类提供一个舒适的思想监狱，才能更有效率地生产能量。因此，机器城市的工程师打造出了名为母体的虚拟现实系统。
初代母体被称为“天堂母体（ParadiseMatrix）”，顾名思义，呈现出的世界是完美乌托邦，并没有疾病、战争等任何痛苦，由于缺乏选择就能获完美结果，使大量人类开始质疑这个非现实世界而在连接母体时大量死亡。史密斯特工曾假设就是因人类不完美，需要用苦痛定义自己，才有这些现象。
据说保护先知的炽天使撒拉弗（Seraph），就是在第一代矩阵时被创造出来的。在这个矩阵被证明失败，并被进行销毁时，里面有不少第一代矩阵的程式留到第二代矩阵，这些程式被叫做“流放者”。
玩家们据此推测（非官方设定），二代母体被叫做“噩梦母体（NightmareMatrix）”，人类认为是工程师打造的充满痛苦的虚拟世界，许多程式以僵尸、外星人、吸血鬼、狼人、各种神话怪物的样貌出现。但第二代母体是否真将人类痛苦具现化不得而知。为数不多的证据是（《骇客帝国》漫画）墨菲斯看到许多邪恶超自然生物时，推测可能是因第一代母体失败了，所以选择用相反方式打造。
三代母体就是《骇客帝国》电影三部曲登场的版本，先知发现要让人类认为虚拟世界是真实的方法就是要有选择，并要模拟20世纪末至21世纪初的地球，这的确使99%人类被机器城市稳定控制，用来源源不断的提供生物能源。
但仍有1%人类抗拒三代母体，若这些人继续活在虚拟世界，会导致母体数据混乱与崩坏，因此先知决定把这些抗拒母体的人类放在某个“容器”保存，那个容器就是锡安城（关于锡安是另一个深层母体还是位于现实世界的地下深处的争论在玩家中就一直没有停止过），但自由人类会依靠繁殖而使族群增加，最终仍会导致母体毁灭。
因此机器城市想到了一个解决办法，把这些“错误代码”集中到某个特定人类身上，使他变成所谓的“救世主（TheOne）”，预