娘娘出困。但拜月教主却放出不死的水魔兽追杀，逼得娘娘和它同归于尽。李逍遥万幸脱困，却被凤凰送回故乡余杭县，在余杭县救了少时的灵儿和她姥姥，也见到了当年的水月宫主。水月宫主告诉李逍遥要想回到现世，必须满足自己的心愿才行。在山神庙西面可以见到少时的自己，用一把木剑换得了爸妈交给小李的水灵珠。于是，一阵天旋地转，李逍遥又回到了现实。
回到神殿后，和阿奴一起到圣姑家中，刚好赶上灵儿临产，得神药之助顺利地产下一个女婴。圣姑又让小李去试炼窟为她捉36只傀儡虫。数日后，灵儿身体恢复，与李逍遥一同出发，这时可以再去试炼窟。在洞的最下层可以找到女娲神的遗嘱，学会土、水、风、火、雷五种神术。在时大理城外黑，白两族由于久旱无雨正为水源而大打出手。三人进入大理城的神殿，巫后娘娘会显灵将自己的衣钵传给灵儿。来到五个神珠放入凸起的祭台中，灵儿就可以施法求雨了。久旱逢甘雨，两族的争斗都停了下来。正当欢庆之时，拜月教主又派地魔兽来捣乱，于是一行人追杀入地道，一直来到了黑苗族的宫殿。在这里李逍遥等人与拜月教主展开了一场世纪之战。最后拜月教主不敌众人与水魔兽，而灵儿飞上天际与其同归于尽。
最后这部作品的结局是这样的，拜月被打败后，强行与水魔兽合体，造成南诏国洪水滔天。灵儿履行她女娲族的使命，为拯救天下苍生，手持天蛇杖飞上半空，凝聚全身力量，毅然向水魔兽冲去。霎时间，一团白光照亮天地，灵儿与水魔兽同归于尽。洪水退去，而受灾后的南诏国，却只剩下断壁残垣。
天空放晴，在金色的阳光下，天蛇杖缓缓而落。天蛇杖在阳光中闪闪发光，却久久不见灵儿归来，逍遥悲痛欲绝。落日的余辉下，逍遥辞别阿奴，踏上返乡之路。一缕笛音传至整个山间，阿奴黯然神伤地吹笛为他送行，也送走了她的心。风雪茫茫，逍遥举步为艰。迷茫间，远远看见雪中的一棵大树下，一个熟悉的身影在默默守候。原来是月如手撑一伞，怀抱忆如，深情地望着逍遥，等待着他归来。
这并不是说李逍遥就真的和林月如完美地厮守一生了，实际上是原来苗族的圣姑精通医术，以三十六只傀儡虫又赋予了林月如生命，硬生生的让她由死转生。当时正围了赵灵儿之死意志消沉的李逍遥，正是最脆弱的时候，林月如在他身边安慰她，并代为照顾李忆如，使李逍遥感激不已。不过念及旧事，李逍遥始终不提娶林月如之事。
就在小忆如渐渐长大的时候，傀儡虫却开始失效。