除了给张居正赐字，隆庆又派了司礼监排名最后一位的秉笔太监陈矩前往高大学士府，在高务实的引荐下，与高拱作了一番恳谈。
次日，又有一旨下达高大学士府：“卿辅政秉铨，以朴忠亮直、不避嫌怨，致被浮言，朕已具悉。何乃再疏求退？宜遵前旨，即出辅理，以副朕毗至意，慎毋再辞。”
高拱这一次没有再坚持，乃出府回阁视事。
然而这次事情注定没法如此轻易了结，因为就在高拱出府视事的同日，高拱的门生们坐不住了。
吏科给事中涂梦桂劾奏：“尚宝司卿刘奋庸，自以供事旧臣，妄意超擢，乃假建言渎扰，动摇国是。宜亟赐罢，仍行究治，以为人臣假公营私之戒。”
工科左给事中程文疏言：“辅臣拱竭忠报国，方万世永赖，不可一日而无。奋庸与曹大野潜构奸谋，顷陷元辅，有乖体罪，不可胜诛。宜示远窜，或加罢斥。”
两人的意思大体差不多，认为刘奋庸、曹大埜二人如此轻贬，十分不妥，要直接罢黜，甚至继续追责。
这个奏疏，当日执笔票拟的张居正没有做出任何批复，直接下发到了吏部。
高拱在吏部见了，批复道：“奋庸尝供事潜邸，效有勒劳。大埜少年轻锐，亦系言官，未足深咎。请宥奋庸，复大野职。”
这个说法就有意思了：刘奋庸是裕邸旧臣，过去是有功的；曹大埜年轻气盛，又是言官，就不要深究了，请皇上免除对他们的处罚。
皇上不是希望我和张居正放弃对抗，携手同心，一力报国么？行，这两个人我不仅不追究了，还请皇上给他们官复原职。
疏入，皇帝不许，再次下旨曰：“此曹朋谋诬陷，情罪可恶，宜重治如法。以卿奏，姑从宽。奋庸如前旨，大埜降一级，调外任。”
于是，仍调刘奋庸为湖广兴国知州，曹大埜则吃了亏，再降为正八品的乾州武功县县丞，差点贬出官员序列。
张居正对此毫无反应。
日过四月，皇帝病体既无好转，也无加重，众臣皆以为皇帝的身子虽弱，但可能也没有什么大碍了，只要安心静养，总会有好转的时候。
但皇帝自己似乎不肯好好休息，这一日在没有吏部奏请的情况下，下旨命太常寺卿管国子监祭酒事丁士美，以原官兼翰林院侍读学士，充东宫侍班官。又命吏部左侍郎兼翰林院学士协理詹事府事张四维掌詹事府事。同时升少詹事兼翰林院侍读学士掌院事马自强为詹事，仍兼侍读学士，协理府事，