商集团早和日本各路水军有深深的勾结(注：前文曾较为详细的说过明朝沿海海盗的来历，其中真倭部分大部分就是所谓的日本“水军”，即各路海盗，他们后来基本都被丰臣秀吉收编。)，大明开海之后这些人也没有完全和这些日本“水军”切割，而是继续想方设法做些见不得人的买卖。
鉴于京华两洋舰队迅速崛起，这些买卖早已从打家劫舍、骚扰沿海转变成了相对单纯的走私贸易。除了为避税而走私各种正常货物之外，生铁、硝石乃至制造甲胄的铁片、皮革等物，江南海商也照卖不误。
到了后来，由于京华对国内向其采购火炮、火枪一视同仁，江南海商还从京华手中购买了数量不少的轻重火器，而这些火器则有相当部分又被他们走私给了日本——无论是丰臣秀吉还是各路大名，大多数都从他们手中买过这些武器。
此次日军卷土重来，大多数水军都装备了或多或少的火炮，总体数量已经远远超过高务实从朱应桢处所了解的数量(即京师勋贵们此前偷卖的那部分)，就是从江南海商处获得。
除此之外，漕军骚乱这件要查证的正事也同样与他们脱不开干系，那日南京漕粮被劫案之所以出现了倭寇，便是由他们将之化整为零偷运至松江府，然后再想办法给他们提供了船只来作案的。
此事一出，由于事发松江，立刻牵连到了申时行和王锡爵。虽然证据显示申时行本人似乎不知此事，但他家在松江的一处庄园偏偏成了窝藏倭寇的一个落脚点。王锡爵就更麻烦了，虽然看起来同样没有直接证据证明王锡爵指使了什么，但后来提供给倭寇的船只之中有一半都是出自他家的产业。
出了如此大事，申时行和王锡爵都是心如死灰，两位阁老一日三上辞疏，数日之内两人加起来上了二十一道辞疏，最终同时获得朱批：“经年辅臣，治家不严，门风败坏，朕憾惜甚痛，皆准所请，着传驰遣归。”
一日之内，心学派两大巨头同时落马，如此动荡岂是儿戏？不过“逝者已矣”，此事更重要的却是后续发展。
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