倭国禁教自秀吉开始，但起初禁得并不严厉，原因就是葡萄牙商馆以中断生丝供应相威胁，秀吉不得不妥协，驱逐传教士的《伴天连追放令》无异于一纸空文。
此令颁布后，十余名传教士依然滞留在长崎并担任葡萄牙商船长崎贸易的向导，一百三十余名耶稣会士仍在九州布教，教徒数量仍在迅猛增加，而以西班牙方济各修道会为代表的其他势力也开始进入日本。
但丰臣秀吉在庆长二年（一五九七年）获知西班牙人企图通过传教殖民倭国后，他再也不去考虑生丝的问题，愤然在长崎将二十六名传教士和信徒钉死在十字架上，并终止了和西班牙之间的贸易。
坚韧的传教士们仍然没有放弃，他们逐渐将天主教发展的重心从长崎转移到了江户地区，在江户甚至出现了方济各会的教堂。
此时的倭国刚刚经历过战国时代，有很多以宗教为组织形式的起义发生，比如“一向宗”起义就席卷了整个倭国.经“关原合战”与“大坂之役”后取代丰臣氏的德川幕府和丰臣秀吉一样，十分担心幕府无法掌控的天主教会引发大型的农民起义。
果不其然，宽永十四年（一六三七年）爆发的“岛原之乱”，正是以天主教为组织形式借着宗教的旗号发生在江户时代规模最大的农民起义，这使得幕府终于下定决心，用最严厉的手段来镇压天主教。
禁教从秀吉开始持续了近五十年，终于到了最为严酷的时候，从宽永十年（一六三三年）至宽永十六年（一六三九年），德川家光连续五次颁布“锁国令”，从禁止倭人出海，到禁止一切倭船出海，然后搜捕杀死外籍传教士，乃至收养葡、西人所生的混血子女者也一律处死。
“岛原之乱”后幕府下达最后一次锁国令，除中、荷两国外全面禁止外船来倭并切断一切同外国教会的联系。
就连中、荷两国的商船，也严格限制了人数和贸易地点，只能在长崎进行交易，其他港口全部封闭。这样做的目的一方面是防止西方传教士混入倭国，另一方面也是控制各地大名不让他们参与贸易，否则大名们通过贸易强大起来，对幕府将是一个极大的威胁。
荷兰人能够和中国商人一样获得这一特权，是因为他们只专注于贸易并不热衷于传教，而且时不时向幕府诋毁葡、西两国借天主教图谋不轨，借助倭国幕府的力量来打击两国。
此时中国最大的海商郑氏因受到大兴军毁灭性的打击而丧失了远洋贸易能力，荷兰人趁机抢占了倭国的市场，而且还垄断了中国和南洋