诊为疲劳过度，而非伤寒。重病中的艇长随后便留在塔林医院中静养，从此再也未能登上他的潜艇。随艇医生的误诊不但影响了这位艇长后来的命运，这个事件的影响是当时波兰和爱沙尼亚都没有想到的。
波兰潜艇到来的消息传到了塔林的德意志大使馆，德大使立即约见塔林官员要求立即扣留“雄鹰”号。这一情报传到“雄鹰”号后，虽然艇长还在医院就诊，但艇员们还是决定立即启航离开塔林。但不巧的是，9月15日白天德国货船“塔拉塔”号刚好从塔林出发前往德国，因此“雄鹰”号无法立即启航逃离。（根据国际法规定，双方交战国船只如果从同一中立国港口出发，那么前后时间间隔不能少于24个小时。）滞留在港内的“雄鹰”号被迫又等了整整一天，最终还是被爱沙尼亚当局扣留了。
时任爱沙尼亚军队总司令的约翰-拉伊多内将军主持召开了特别会议，商讨如何处置波兰潜艇一事，最后决定拆卸潜艇上的鱼雷、弹药和火炮尾闩，没收艇上的海图及导航设备，所有艇员也要被囚禁在沿岸的兵营内。9月16日，还不放心的爱沙尼亚当局又下令抽取潜艇上的燃油。随后爱沙尼亚的报纸向外界报道了爱沙尼亚扣留波兰潜艇一事。
如果事件发展到这里一切顺利的话也就算了，可是……后面的事情再一次让人大跌眼镜，由于爱沙尼亚的疏忽（也不知道是不是有意）使得潜艇逃离了……
波兰潜艇的逃逸触怒了德意志第三帝国，却也正中了苏联的下怀。这个时候苏军早已向波兰进攻，他们正等待一个向爱沙尼亚动武的理由，听到这个消息苏维埃加盟共和国怎么能不欣喜万分？
德意志第三帝国驻爱沙尼亚大使来到爱沙尼亚外交部，对着惶惶不可终日的爱沙尼亚官员冷冷地说道：“很显然，贵国放走波兰潜艇是非常恶劣的行为，这样的劣迹将永远被记录在贵国的历史上！”事件发生后，德海军部门又派出视察官员前往爱沙尼亚进行调查，在面对陪同的爱沙尼亚官员德官员的缄默其口，令爱沙尼亚政府官员们更加胆战心惊。
与德意志第三帝国冷淡的反应形成鲜明对比的则是苏维埃加盟共和国当局异乎寻常的高调。9月19日，苏《真理报》发表了塔斯社的一份声明，声明指出：“有足够的证据显示，波兰海军的潜艇在波罗的海国家的支持下，正隐藏在三国海域内。9月18日爱沙尼亚政府有预谋地释放了已被扣留的波兰潜艇。苏红旗波罗的海舰队有必要采取相应的行动，以防范隐藏在波罗的海三国海域的潜艇活动。”就在苏维埃加