都使用同一套遗传密码，生物化学揭示了所有生物在分子水平上有高度的一致性，最终证实了达尔文这一远见卓识。所以，这也是一个被普遍接受的科学事实。
现在学术界一般认为，自然选择的使用范围并不象达尔文设想的那么广泛。自然选择是适应性进化（即生物体对环境的适应）的机制，对于非适应性的进化，有基因漂移等其他机制。也就是说，不能用自然选择来解释所有的进化现象。考虑到适应性进化是生物进化的核心现象，说自然选择是进化的主要机制，也是成立的。
在达尔文在世时以及死后相当长一段时间，大部分生物学家，特别是古生物学家，都相信生物进化是能够出现跃变的，认为新的形态和器官是源自大的跃变，而不是微小的变异在自然选择的作用下缓慢而逐渐地累积下来的。包括赫胥黎在内的一些古生物学家由于强调生物化石的不连续性，而持这种观点。在遗传学诞生之后的一段时间内，早期遗传学家们由于强调遗传性状的不连续性，也普遍接受跃变论。
进化论是人类历史上第二次重大科学突破。第一次是日心说取代地心说，否定了人类位于宇宙中心的自大情结；第二次就是进化论，把人类拉到了与普通生物同样的层面。所有的地球生物，都与人类有了或远或近的血缘关系，彻底打破了人类自高自大，一神之下，众生之上的愚昧式自尊。
物种是演变的，这是事实，可演变的原因是什么?物种为什么会变异?为什么物种竟然呈现出一种由简单到复杂、由低级到高级的进化呢?在达尔文之前，已有一些进化论者试图解答这个问题，可他们的解答或偏离事实，或过于牵强附会。达尔文总结、扬弃了前人的学说，并注意从其他学科的学术思想中吸取养料，经过多年辛勤的探索和紧张的思考，提出了自然选择学说，以此来解释生物进化的事实。
新的物种怎么出现的呢?因为旧的物种会变异，很多物种为什么灭绝了?因为它们承受不住生存斗争的压力。为什么现存生物与环境的关系是那么和谐呢?因为无数变异之中的某些变异恰好符合环境的选择。至于为什么低等类型的生物到处存在，达尔文写道：这是不难理解的，因为自然选择即最适者生存，不一定包含进步性的发展——自然选择只利用有利于处在复杂生活关系中的生物的那些变异。
相对应的，新的物种的出现也就代表着会有另一批旧的物种消失，科学也是同理，当新的科学出现，旧科学就会消失不见，从人们认定的位置变成否定，从一种神圣的位置变成了愚昧