会稽郡沦陷之后，附近郡县的群众纷纷斩杀政府官员，起兵响应孙恩，十天之内已集结数十万人。
虽然这些人并没有什么精良的装备，多数人甚至只是拿起干农活的铁器，有的则直接扛个棍子就加入到孙恩的队伍，但毕竟人数众多，三吴地区久无战事，政府的军队根本没有应对这种突发状况的经验，完全无力阻拦。
当然也有不少百姓反对孙恩，但只要谁敢提出异议，往往全家男女老幼全遭屠杀，刚出生的婴儿都不放过，百姓恐惧之下也只得听从孙恩的安排。
孙恩占领会稽之后，自称征东将军，强迫知识分子当他的官属，称自己的同伙是长生人，为了提升队伍的震慑力，所到之处，必把当地的政府官员砍成肉酱，然后让他们的妻子儿女吃掉，拒绝吞食的，也都遭到支解分尸。
百姓起初对这种血腥场面还多有不适，但渐渐地，内心的阴暗彻底暴露，大肆在民间烧杀抢夺，焚烧同胞的房舍和政府仓库，有些带孩子的妇女也不甘示弱，因为小孩在怀，行动多有不便，就把孩子投入水井，念念地词地祈祷：“恭喜吾儿先登天堂仙境，我随后就来。”
眼看大军形成规模，孙恩终于和朝廷实现了对话，上书司马德宗，声称会稽王司马道子及其世子司马元显罪大恶极，要求诛杀以泄民愤。
举国上下都知道司马德宗是个废人，孙恩的上书当然只是给司马道子父子看的，一方面是威吓朝廷，一方面摆出一副众望所归的模样，拉拢更多人心。
自从安帝继位以来，无论京城还是地方，都陷入混乱，石头城以南的地区，被荆州江州割据，石头城以西地区，被豫州割据，而京口和长江则被兖青冀幽并徐六州及扬州晋陵军区司令长官刘牢之和广陵郡长高雅之控制，朝廷的号令所可以触达的，仅三吴地区而已。
如今三吴竟又被变民割据，而京畿所属各县，小偷强盗四处流窜，孙恩也有党羽潜伏在京城，人心震动恐惧，时刻担心发生暴乱。
接到孙恩的书信，司马元显立刻下令全国戒严，自任中军将军，然后派徐州督导官谢琰兼任吴兴义兴军区司令官，出兵讨伐孙恩，因担心刘牢之趁乱起事，所以没敢让他出动。
但刘牢之对于这么大的叛乱岂能坐视不理，主动上书讨伐孙恩，而且不等批示，直接领兵出发。
北府兵的战斗力可不是盖的，刘牢之与谢琰会师之后，一路所向披靡，打得变民集团溃不成军，司马元显高兴之余，以司马德宗的名义让刘牢之兼任吴郡军区司令