刘敬宣确实只是耽搁了些日子，并没发生意外，但当往回走的时候，意外得知父亲的死讯，虽然悲痛欲绝，可也不敢贸然前往为父亲治丧，因为他也误会是阴谋泄漏，刘牢之才会被杀，所以飞船渡江，投奔广陵的高雅之。
刘牢之的尸体最终被桓玄获得，下令砍下尸体的头颅，然后拖到街市上由民众观看。
东晋那么多名将里面，刘牢之无疑是下场最凄惨的一个。
不久之后，变民首领孙恩也走到了人生尽头。
被刘裕围追堵截地打了几个月，孙恩集团的部众日渐稀少，尤其长时间在海上漂泊，集团内部人心思变，为了鼓舞人心，孙恩准定发起最后一击，成功自然皆大欢喜，万一失败，也好过在担惊受怕中度日。
402年3月，孙恩亲率所有部众攻击临海，可惜这最后一击并未奏效，被临海郡长辛景，打得溃不成军，而辛景也是个铁腕人物，击败变民后，也不管什么人命关天，更不理会什么坦白从宽，对变民集团展开疯狂而彻底的屠杀，孙恩当初裹肋的三吴百姓，几乎全部死光。
孙恩自知罪孽深重，如果遭到生擒，必将受到丧心病狂的折磨，于是选择了一种更为自由洒脱而又不失一代变民首领风度的死法——投海自尽。
他的门徒党羽，以及姬妾、歌女、舞女，一起陪同自杀的，有数百人，残余的数千人部众则称孙恩是借水成仙，并未真的死去，共同推举孙恩的妹夫卢循为盟主，继续水仙的大业，但规模和实力都远不如孙恩，对政府造成的威胁也大打折扣，桓玄为了避免引发更大的麻烦，暂时任命卢循为永嘉郡长，以求取一时安宁。
但卢循可并不因此心怀感激，继续祸害百姓，并于5月份从临海推进到东阳，重新吸纳了大批部众。
桓玄很不开心，出兵镇压，显然就在无形成削弱了建康的防卫能力，但如果坐视不理，那也不合适，搞不好卢循会发展得比孙恩还要强悍，苦思冥想之后，决定还是依靠北府军出面，既能镇压变民，又能牵制敌对势力。
刘牢之死后，北府军中既没有复杂的家族势力，又颇具威名和影响力的，就只有刘裕了，桓玄于是擢升刘裕为抚军将军府大营指挥官，由他率军讨伐卢循。
卢循当然不对手，但刘裕倒也不急着结束战斗，与卢循展开拉锯战，趁着讨伐变民的机会，好好观望一番朝廷的局势，另外也是出于安全考虑，如果卢循之乱平定，桓玄一定会把矛头伸向刘裕。
事实证明，讨伐卢循确实成了刘裕