相比刘毅的锋芒毕露，刘裕更加心狠手辣且不露声色，单从这方面来说，刘毅完全不是刘裕的对手。
407年间，刘裕府上的部将骆冰，对刘裕心生不满，大有向刘毅靠拢的倾向，刘裕便对外宣称骆冰与他的同党殷仲文、桓石松、曹靖之、卞承之和刘延祖等人，秘密结合，打算拥戴桓玄的余党桓胤为盟主，然后毫不留情地屠灭几人的全族。
司马家族中略有名望实力的人，也难逃恶运，司马遵之就被指控犯法，连同亲属一起处死。
排除异己本是所有领袖的必修课。
而除了心机和手段，刘裕还有个得力的辅助，足以拉开与刘毅的差距。
408年初，刘毅曾因不愿让刘裕长期留在朝中，提议任命中央禁军总监谢混为京畿卫戍总司令，或者由刘裕留在丹徒，遥兼京畿卫戍总司令，而由孟昶负实际责任。
计议已定，刘毅特别选派亲信、政府右秘书长皮沈，带着两项方案送请刘裕选择。
刘裕的机要军事总参议官刘穆之，率先接待了皮沈，等获悉了皮沈的来意，立刻起身假装去厕所，就在厕所里面秘密写了一张字条，让人转交给刘裕：“皮沈的话，不可同意。”
刘裕收到字条之后，出来接见皮沈，简单寒暄几句，也不讨论正事，直接送皮沈先回宾馆，然后叫来刘穆之询问。
按刘裕的意思，是想暂时答应刘毅的提议，以此使他更加骄傲蛮横，然后找机会对其实施致命的打击，所以当得知刘穆之不同意时，心里多少有些困惑。
刘穆之耐心地解释说：“晋王朝的政治力量早已衰败，天命也早已转移，你复兴皇家，功勋卓著，今天这种形势，怎么可以谦让，而作一个地方普通将领，就心满意足？
刘毅、孟昶二位，与你都是一介平民出身，共同起义，谋取富贵，举事的时候，有先有后，所以暂时推举你为盟主，并不是心服口服，力量既然相敌，权势又复相等，最后一定互相吞噬。
京畿是根本之地，不可以交给别人，从前任命王谧担任，不过是一时权宜之计，现在再交给别人，就自然会被别人控制，一旦失去权柄，便再没有方法可以得到，将来的危险，难以想象。
朝中对此已有议论，你最好乘机表明态度，一定说你自己想干，未免难以开口，不妨说神州是国家基础，宰相级官员地位重要，事务也很关键，不方便遥遥讨论，最近我可能前往京城，容当面交换意见。
你既到首城，他们就绝对不敢越过你，