魔法师们虽然拒绝了亚瑟，但却为他培养出了不少新的魔法师下属。
亚瑟的异常，终于让大主教察觉了不对劲，经过一番调查，大主教明白了亚瑟的意图。
于是，他和这个国家的另一个继承者——伯林诺王，达成协议，意图取代亚瑟王，获得这个国家的王位。
而他们做的第一步，就是打击亚瑟王的威望。
众所周知，亚瑟能登上王位，很大程度上是因为他能拔出石中剑，是‘神’所认定的国王，那么要打击他的威望，只需要毁了这把剑就可以了。
石中剑本是教廷赐予亚瑟的，他们当然知道这把剑的弱点。针对这把剑的弱点，大主教为伯林诺王找来了一把克制石中剑的神兵。
一切准备就绪后，伯林诺王故意让人激怒亚瑟，让亚瑟主动向他发出了挑战。在比赛中，他又凭着那把新得来神兵，一举砍断了石中剑。
由于石中剑乃是‘神’赐之物，所以大主教又对外宣称，因为亚瑟违反了骑士精神，因此神经赐予的宝剑才会断裂......
战胜亚瑟后的柏林诺王，企图当场斩杀亚瑟王以绝后患，幸有梅林及时赶到，将自己的佩剑——湖中剑，借给了亚瑟，才助他才逃过一劫。
得知此事的幕后主使后，亚瑟大怒，彻底和教廷决裂，而梅林也开始在自己的养子，和对‘神'的信仰之间徘徊。
由于教皇多年的准备，这时的教廷，已经控制了大部分的国家，《圣经》也被宣布为至高无上的真理，凡是违背圣经的学说，都被斥为“异端邪说”，凡是反对神权统治的人，全都被处以火刑。
不过，也正是在这个时候，突然有一大批科学家，涌现了出来。他们不顾自身的安危，用现实来印证《圣经》中的错误。
首先是哥白尼被提出了“日心说”，意大利思想家布鲁诺，为了维护日心说，被教会用火烧死。
然后是航海家哥伦布发现新大陆，麦哲伦和他的同伴绕地球一周，证明地球是圆形的，使人们开始真正认识地球。
一件件的事情接连发生，使得教会严密控制下的国度，发生了轰轰烈烈的宗教革命，质疑神权的人也越来越多。
亚瑟也正是在这个时候，找到了几个志同道合的伙伴。同时他趁着这个时机，真正的和教廷决裂。
他开始大量拉拢科研人才，寻找着教廷《圣经》中的各种谬误，用以对抗教廷的统治。
然而，随着研究的越来越深入，亚瑟发现了关于研究