就这样鼬以加入晓和帮助面具男覆灭宇智波一族为条件，避免了面具男现在对木叶动手的想法。
止水自杀使得宇智波族人元气大伤，士气低落，但是族人仍然决意叛变。鼬面见木叶高层汇报了这一情况，在场的高层中只有三代火影坚持想以谈判的方式解决宇智波政变，但因为事情已经来不及改变最后只说请鼬帮他争取一点时间，事实上除了歼灭宇智波全族之外已再无其他善法。
志村团藏之后找到了宇智波鼬，以鼬的弟弟宇智波佐助的性命作为交换让宇智波鼬诛灭全族并对佐助保密，自己以叛忍的身份搜集对木叶不利的组织情报。为了保护村子防止其他国家乘虚而入，也是为了止水的意愿和弟弟的性命。鼬在痛苦与煎熬中被迫接受了灭族任务。
政变当晚宇智波鼬和宇智波带土一起动手诛灭了全族。
“父亲、母亲对不起”宇智波鼬含泪与父母道别。
“鼬，这就是你的选择吗？”宇智波富丘看着这个令自己骄傲的天才儿子。
“不要感到愧疚，这就是宇智波。”宇智波富丘看着面对自己流下眼泪的鼬，说道，其实富丘也不想这样的，他知道宇智波一族那天真的发动政变的想法有多么的可笑，但是作为族长的自己却没有办法阻止，只能顺从大多数族人的意见，这就是自己作为族长的悲哀吧！并不能像有一样选择自己的道路。
“对不起父亲，如果可以，我想要你的眼睛。”鼬艰难的对着富丘说到。
“哦，是谁想要写轮眼吗？”富丘很奇怪有的话。
“是月老师，他拜托帮他找一双写轮眼。”有无法面对自己的父亲。
“月吗？他应该不许压迫写轮眼的，但是算了，希望这双眼睛还可以看着你的选择是否正确吧！”富丘说完就和自己的妻子一起自尽了。
“鼬，佐助就拜托你了。”在临死之际，富丘和自己的妻子对鼬说道，他们将佐助托付给了鼬，然后含笑离开了人世。
鼬在佐助回家的必经之路是那个遇到了佐助，然后给佐助释放幻术，让佐助认为是自己杀死了自己的父母，并给弟弟设定了一个向自己复仇这一目标之后准备逃离木叶，??临走前威胁团藏如果敢伤害佐助就将村子情报出卖敌国。逃离之后根据与面具男的协议建议加入了他的组织晓，三代目火影默许了这个事实并答应鼬保护他的弟弟。
......
“啊，鼬呀！这就是你的选择吗？”月来到了和鼬约定地方，看着浑身杀气