余大成也被罢免。不久以后，孔有德、耿仲明等人又攻破黄县，明廷急令谢琏为副都御使巡抚登莱，擢参政徐从治为山东巡抚，让徐从治驻守莱州城，以防备孔有德部西进。
崇祯五年二月，孔有德部率军围攻莱州，徐从治与谢琏拼死抵抗，同时向朝廷求援。但自北京南下的总兵刘同柱，虽抵山东境内，却迟迟不敢到莱州解围，大学士周延儒与兵部主事张国臣等又提议招抚，张国臣等也自愿到阵前招抚孔有德等人。
明主力部队的迟疑不前和主抚派的huódòng，更加助长了孔有德等人的气焰，他广招原部下，驻守皮岛的明将陈友德等3000人，也加入到叛乱的行列。叛军更是全力攻打莱州城。对于明朝一些官员的招抚行为，坚守莱州的徐从治、谢琏等人坚决反对。
在徐从治、谢琏和莱州知府朱万年等的带领下，守卫莱州的军民“备刍粮，设守具，据敌数月”。在叛军的重重包围之中，尽管城中已到弹尽粮绝的地步，仍拒不开城投降。而明总兵邓圮、王洪已率川兵万人自昌邑来援，距莱州仅40里，却接到命令驻足不前，指望招抚成功。孔有德见状，拼命攻城，巡抚徐从治亲上城楼，被叛军炮火击中，重伤而死。他的死更激发了莱州军民守城的决心，“莱人感其义，卒坚守不下”。
崇祯五年七月，莱州被围已有4个月之久，但明政府的一些官员却并不急于解莱州之围，而是一直采用招抚的手段对待孔有德。由于莱州城防坚固，叛军一时也难以得手。孔有德见攻莱州不下，就又施展诡计，给总督刘宇烈写信，表示愿受抚归降，但要面见谢琏谈判。刘宇烈派推官屈宜阳入莱州城，谢琏信以为真，先让知府朱万年出南门面见孔有德，孔有德告诉朱万年，表示愿意投诚。
朱万年回城将情况告知谢琏，谢琏与朱万年及翟、刘两个派来监军的宦官出城与孔有德见面，宣读朝廷让他投降的诏书。孔有德早有准备，立即让部下将4人捉住，乘城门大开，急令攻城。朱万年见势危急，大喊关闭城门，被孔有德杀死。明军紧急关闭城门，孔有德破城计谋未能得逞。
谢琏被俘后，明政府招抚不成，遂急令各路援军向孔有德进攻。孔有德见情势不妙，撤回登州城，明总兵吴襄率军克招远、黄县，莱州之围方解。同年九月，明军将孔有德叛军围于登州城中。十月，明军开始攻城，战斗进行得十分激烈，明副总兵丁思侯、裨将程仲文、祖邦楼在攻城中战死，叛军主要将领李九成也被明军炮火击毙。
孔有德见登州难保，于崇祯六年二月