遗言，待日后由新皇帝为他弥补。正是因为有了顺治帝的这句话，所以康熙帝即位后，马上就授予图海正黄旗满洲都统一职。
清兵入关二十年来，南明政权、大西、大顺农民军以及各地各阶层的抗清斗争势力，几乎全部被镇压下去。这时只有大顺农民军余部在郝摇旗、刘体纯、李来亨等率领下，据湖广、四川、陕西三省交界地的陨阳荆襄一带坚持抗清。清朝为统一全国，安定统治，决定消灭这块抗清据点。
康熙元年（1662）九月，下令三省各抽调三万绿营官兵，加上西安驻防八旗，实行会剿。面对十余万众的大敌，郝摇旗等组织农民军联合反击。次年七月下旬于彝陵（今湖北宜昌）附近重创湖广总督董学礼部。接着，又合师以七万之众进攻驻扎在四川巫山县境的湖广、四川总督李国英部，清军战事不利。八月，清廷决定再加强力量，任命图海为定西将军做为靖西将军都统穆里玛的副手，率领禁旅从京师出发，取道荆州前往征剿。图海至前线后与李国英、提督郑蛟麟、总兵俞奋起、于大海等实行连营围困。农民军乘清兵立足未稳之际，以三千余众袭击俞奋起营地，图海得报即亲自率兵迎战，击败之。终因众寡之势悬殊，农民军各部被围困在湖广兴山县一带，相继失败。
十二月底，清军攻破农民军陈家坡大营，刘体纯自缢而死。三天后农民军另一据点黄草坪亦被攻下，郝摇旗等被俘牺牲。只有李来亨独据茅麓山凭险抵抗，清军虽有二十万众却接近不得。最后由于图海等实行长期围困，绝其粮道和声援，农民军处境愈加险恶。至康熙三年（1664）终于力不能支，李来亨下令烧毁山寨，阖门自焚而死。十月，图海与穆里玛等下令将俘获的六千余名农民军尽数屠杀，然后携带被俘的三千余人口及八千余名降兵班师。
康熙六年（1667年），图海晋升为弘文院大学士，加世职为一等轻车都尉。九月，充任纂修《世祖章皇帝实录》总裁官。
康熙七年（1668年）十二月，比利时人南怀仁劾钦天监监副吴明烜推算历法差错，图海奉命同诸大臣同往测验。后来，在康熙八年（1669年）七月、康熙九年（1670年）六月、康熙十一年（1672年）六月，他几次受命同刑部审理重犯，皆称旨，不但当时就受到康熙帝的称赞，而且在几十年以后，康熙帝还以图海为例，让刑部的官员向他学习。
康熙九年（1670年）改为中和殿大学士兼礼部尚书。此时他在大学士中又位列第三。康熙十年（1671年）晋居第二。康熙十一年