瘫痪状态，尚能起飞的也因为油料有限的关系连升空警戒都要得到航空军司令部长官的批准。也就是说，这个由一个陆军航空军保卫地港湾早已丧失了最基本地空中屏障，而保卫港口的任务自然而然的落在了海军守备部队和陆军地面部队的肩上。
在佐世保，距离码头几步之遥的港区早已没了鼎盛时期的那种勃勃生机。街头巷尾行人寥寥无几。所能看到的大都是穿着深蓝色军大衣的海军士兵或是穿着土黄色大衣的陆军士兵，他们年龄、经历甚至手中的武器各不相同，他们有的曾在东南亚呆过。有的1928年秋天的时候还在朝鲜半岛服役，有地则是半年前才应征入伍的，用杂牌军来形容他们并不过分，就是这样七拼八凑成的海陆军守备部队担负起了佐世保港区及周边军事设施的防守重任。
当朝鲜半岛上最后一支日本陆军部队覆灭之时，对马、严原、壹歧等岛屿成了日军本土防卫最西面的据点，而与这些岛屿相隔数十公里的福冈、马关、佐世保则是西线防御的重点，派驻这里的守军不可谓不多，仅佐世保区区数十平方公里一地，就有海军第17守备旅团5000余名士兵和陆军第35师团1万7千人，其中2/3的兵力负责海岸防守。另外1/3则是专门地防空部队，然而，大批守军所使用的却是相对落后的武器和非常有限的空中预警力量，那些20毫米、40毫米的高射机关炮早已被证明难以威胁到高空飞行的德国重型轰炸机，而75毫米、80毫米和100毫米的高射炮则由于射速慢、精度差的弱点同样难有作为，而作为日本战时研制的第一款对空警戒雷达“甲型”雷达，其警戒范围仅有20公里，且往往受天气原因和对方干扰无法正常工作。
不仅是武器装备，在后勤补给方面。驻守佐世保的日军部队长期以来也是饱受困扰，他们缺少弹药和油料，缺少车辆和药品，缺少肉食和酒类，在某种程度上甚至可以说什么都缺，最近三个月，由于德军成功占领朝鲜半岛南部并建立起以釜山为核心的庞大空军基地，大批德国战机得以从距离九州仅200公里的机场起飞，包括战斗机和俯冲轰炸机在内的众多德国战机将进入日本领空当作是家常便饭，日军防空炮兵部队在防御难度陡增的同时伤亡也急剧上升，仅陆军第35师团就损失了近3000名士兵和超过60门防空炮，但是日本军部不仅是面临兵力捉襟见肘的窘境，即便是想要在本土调动援军，遭到严重破坏的交通设施也让不论骑兵、装甲兵还是步兵成了纯粹的步行军。德军的空袭一阵紧过一阵，佐世保驻军却一遍又一遍的被告知他