军重新渡至江北，并沿德感坝转进重庆府西面官修大道，至佛图关前附近待命。另一路张献忠亲自指挥，乘船自江津顺流直下偷过猫儿峡，只经过大半日时间即登陆重庆府城与佛图关之间的菜园口，继而抄至两路口，截断了两边官军的联系。
佛图关川兵腹背受敌，仓皇失措，向重庆府城撤退，张献忠趁机与王尚礼合力取下佛图关。佛图关位于铜锣峡上游，一旦易手，铜锣峡也不免进退失据。马元利借势再攻，很快破口。张献忠、王尚礼、马元利三路碰头，大军由是顺利齐聚重庆府城之下。
重庆府城虽说坚固异常，但短时间内精心布置的外围防线即宣告瓦解使得城内川兵们极为震骇。有不少军将甚至假意提议出城背水一战，暗中考虑见机逃命。陈士奇看出他们的鬼心思，严令禁止，让标下副将卞显爵为主，主守通远门，意欲凭城力却西军。
张献忠在几番劝降未果后开始攻城，首攻南纪门。可是重庆府城到底难攻，南纪门城墙极高，城基更全是岩石，难以利用放崩法挖地道爆破，马元利、王尚礼分别指挥架云梯蚁附攻了几轮。城内物资极多，守城器械应有尽有，川兵全力应战，倾泻火石、滚木、沸油等等源源不断，西军一时难以接近。
张献忠对重庆府城志在必得，即便受挫也不丧气。在夜间亲自骑马绕着府城城墙周密侦察，结果在通远门城根部发现有土，可以挖掘地道。次日清晨，立令兵士行动。川兵一如既往阻击西军，但张献忠威势甚烈，下了死命令，无人敢再退后半步，无数西军兵士顶着木板，前仆后继靠近通远门附近的墙根，短短一日，死尸堆满城下，如同座座山茔。连挖两日，是日黑云密布，地道已成，但缺乏炸药容物。张献忠别出心裁，令兵士就近砍伐大圆木，凿空中心，填入千斤火药，外用铁皮包裹严实，凑出一共数十根抬进城根下的地道。至夜间火发炮着，爆炸震响如同地裂山崩，城内外烈焰四起。
西军兵士清晨全力进攻，守在通远门的卞显爵犹不退缩，砥砺奋战，然而早就松动的通远门城楼上下在此时轰然倒塌，卞显爵被压死在崩毁的角楼废墟里，川兵大溃。西军杀入城中，四川巡抚陈士奇、重庆知府王行俭、巴县知县王锡、重庆卫指挥顾景等被西军一网打尽。张献忠志得意满，押着这些官员跪在衙署里，历数其罪状，一一处死。
真正算起来，张献忠从开始攻打铜锣峡到最后攻克重庆府城，仅用了六日。
也难怪王来兴听到此讯时瞠目结舌，不敢置信。
“献贼狡诈，恐怕是听