顺军野战主力在北直隶战败的结果引起了一连串的动荡。五月至六月，北直隶、山东、河南等原先臣服于大顺的地区纷纷易帜反叛。奉命收复河南的明军陈威甫、田雄、刘洪起等部从汝宁府出发北上，所经之处官民响应，箪食壶浆夹道相迎。譬如归德府知府桑开第与前大明督师丁启睿之弟参将丁启光联手逮捕了大顺在归德府委任的各州各县地方官，迎接明军进入府城，原先驻扎怀庆府的郧阳侯许定国亦率兵来合，联营睢州。
五月下旬，被明军追逐、在湖广无所遁形的李成栋带着数十骑逃窜河南，广文禄是以带着靖和前营回军河南，与其余几路兵马会合，众达两万余人，实力完全超过了残留在河南的顺军。但是李成栋却与许州韩甲第、裕州李好、襄城县刘铉等土寇勾结，作乱各地，故而河南尚未能说真正平定。
鉴于当前形势有变，赵当世随即重新划分了军一级的临时指挥编制，划清职责。
陕西方面，分三个军，分别为赵当世军、侯大贵军与徐珲军。
原先郭如克军合并进赵当世军，如此一来，赵当世军便有起浑营、镇筸营、青桐营及马万年、三谭、赵光远、张应元、王允成、宋纪、马铁贝、赵‘荣贵、刘贵、李际遇等并川北各部总计四万七千兵马。其中镇筸营乃是经过两个月的修整补员，在近期重回陕西的。
徐珲军大体保持效节营、昌洪左营、昌洪右营的老本嫡系不变，加上黄得功的一万两千人，总计一万八千兵马。
侯大贵军则在原有无俦营、靖和中营、一冲营的基础上增加飞捷左营、飞捷右营、长宁营、忠贯营和从青桐营分出的贺人极部马军，共计一万两千兵马。
河南方面，新设广文禄一个军，辖靖和前营、昌洪前营及田雄、刘洪起、丁启光、许定国等各部，总计两万一千兵马。
南直隶方面，新设左梦庚一个军，辖左家军及方国安、袁时中等部，总计三万两千兵马。但南京情况未定，如若后续进展顺利，将南京周边刘肇基、张天禄等部收编，届时兵力规模还要进一步扩大。
湖广方面，新设刘世俊一个军，辖五牙营、国安营，同时和湖广提领衙门合作，算上团结兵，当有三万四千兵马。
四川方面，依旧由王来兴军负责，辖练兵营、靖和后营及刘佳胤、曾英等部，总计一万三千兵马。因王来兴坐镇重庆府，军务向川南、川东倾斜，所以成都与川北的军政主要以四川提领衙门为主，有两万兵马。
此外还有陕北孙传庭、曹濮刘泽清、安