商军为殷商会所组建的军队，是旧金乌星系主力部队，受到宇宙特工组织“碧游”的帮助，驱逐了外星殖民者，形式上统一星系。
因信仰上的矛盾以及圣祖预言的出现，商军联合北邙军，对西野门进行了镇压，从而拉开内战序幕。西野门义军聚集西岐后，商军展开五次围剿，虽然重创义军，但也损失不少精英，且未能将西岐军彻底消灭。
在“凌霄盟”侵占金乌北部后，商军元老之一的黄飞虎联合北邙军崇黑虎，发动“惊天之变”，迫使当时身处白虎星的殷商会长紫寿同意重新联合西野门，商军成为正面抵抗侵略者的主要军队，西野门领导的西周军与铁虎军相对独立，战斗于沦陷区。而北邙军以殷商军身份战斗于白虎区。
反侵略战争初期到中期，由于商军高层将希望寄托外星“宇宙联合军”的援助，无心全力抵抗，导致金乌星系九大行星，七颗落入敌手，唯有“白虎星”与最南端的“亚图姆星”幸存。不过商军在天照、青龙、朱雀各星域依然保有阵地，牵制敌军、保卫殷商会首脑栖身的“亚图姆”。而白虎区“潭星”的金鸡军团，更是三次挫败从朱庇特、震旦各区攻来的敌军。
在青龙区，殷商“东方游击军”向来仇视西野门的铁虎军，两军矛盾爆发，东方游击军在“黑松战役”中几乎全灭。此时，西周军在朱庇特区发动“百战雄师”行动，展示了敌后战斗发展出的非凡实力，引起紫寿警觉。因此，紫寿一方面让申公豹开始破坏西野门在金乌东部的秘密组织，另一方面以“魁雨军团”、“渑池军团”为主力，东方游击军为配合，消灭铁虎军主力于“泾星”。
此役后，紫寿在政治舆论上陷入被动局面，被迫默许西野门重组铁虎军。
当宇宙大战全面爆发，商军以“丛狐军团”为代表，在东部边缘地带，有力支援了宇宙联合军，并逐渐展开对侵略者的反攻。可惜在金乌星系内面对凌霄军的进攻，又屡屡吃亏，连潭星都不幸失守。
在宇宙联合军及外星碧游的支持下，商军积攒了足够实力，反侵略战争末期也曾有捷报传来，但还未将后备军力投入战场，凌霄大帝便迫于宇宙局势宣布投降。
紫寿将商军与外星碧游相结合，重组各军团，在与西野门谈判和平建国同时，抢占各大行星。
殷商会中潜伏的阴谋派，策划“孝纺大厦惨案”，展示出殷商会的真实意图，迫使紫寿加快行动。
商军元老卓尔文借口要抓捕碧游叛徒洪锦，命令魁雨军团围杀西野门震旦游击军，引