军团及天武军团的强大压力之下，吴三桂不得不率兵前往保定，在雄威、天武两军团的监视下，进行整编。
没过多久，枢密院又派龙虎军团在锦州附近登陆，接替祖大寿，承担起锦州的防务。枢密院令祖大寿率兵至山海关，在虎啸、骠骑军团的监视下，进行整编。
在剔除了大量兵痞，对各级军官进行大换血后，将关辽兵编为虎卫、神策两军团。虎卫军团由周世亮、陈奎分别担任正副统帅，神策军团则由窦石温、周遇吉分别担任正副统帅。周遇吉、陈奎两人，到底无法忍受皇帝卫兵的寂寞，辞职后来到枢密院，得到了林纯鸿和周望的重用。
至于吴三桂、祖大寿等一帮辽东高级军官，则在枢密院找到了自己的位置，从事一些军政、军务管理工作。
与此同时，枢密院又对靖**团及蓟辽军团进行了整编，补充了大量军官，完善了各级指挥机构及武器装备后，依然由黄得功和曹变姣担任统帅。
北方的军队整编进行得如火如荼时，郑芝龙顺应大势，提出将福建舰队与东洋舰队合编，并交出棉兰老岛及香料诸岛之统治权。
林纯鸿、周望大喜，对东洋舰队进行了整编，并任命郑芝龙为东洋舰队提督，原提督宋书陶则成为海军副提督，上升了一级。
本来，枢密院对关辽兵进行整编时，是满清鞑子挑事的最好机会，林纯鸿还严加戒备，以防鞑子闹事。
哪知，皇太极生了重病，不停地呕血，根本就没有精力挑事。
待关辽兵及其他军队整编完成后，枢密院对军队重新调整了部署：宣武军团返回河南开封驻防、靖**团南下至保定驻防。
雄威、天武军团驻扎蓟州及通州，骠骑、虎啸两军团调至锦州，蓟辽、神策、龙虎军团驻防山海关、永平，虎卫军团调至宣府。
如此军力部署，只要稍稍有点军事常识，就能一眼看出，大明试图对辽东用兵。
而且，三路攻辽的作战思路也清晰可见：宁锦一线为主攻方向，以骠骑、虎啸、神策、蓟辽四军团作为主力；辽东半岛为辅攻方向，金吾军团担负辅攻及牵制的任务；辽西为辅攻方向，以武卫军团、虎卫军团为主力。
龙虎军团则驻扎在永平（今秦皇岛），随时可作为奇兵登陆辽东。
雄威、天武军团则作为预备队，随时准备对前线进行支援。
正当大明二十余万军队厉兵秣马，准备进入辽东之际，忽然传来消息，皇太极呕血而死。
林纯鸿趁着