五月二十九日，皇太极悄然从宁远退兵。他还是不甘心就此罢休，率领大兵再次将锦州城团团包围了起来。
没有了沙宁与黑风五子的帮助，皇太极攻打锦州多日，还是攻城不下。到了六月初五，皇太极见取胜无望，只得率领大军退回盛京沈阳。途中路过大凌河、小凌河等地，皇太极命令手下士兵拆除堡垒和城墙，并一把火将农舍烧了一个干干净净。
皇太极退兵之后，朝野震动，关内关外一片笑语欢歌。捷报传到京师，天启皇帝朱由校非常高兴。他命令全国庆祝，京师各地悬灯结彩，鼓乐齐鸣。
乾清宫内，魏忠贤奏请朱由校大大奖赏立功的将士，朱由校无不应允。
皇帝嘉奖的诏令传到边关，蓟辽总督阎鸣泰、监军刘应坤、辽东巡抚袁崇焕、四镇总兵满桂到山海关接旨。
圣旨一宣，阎鸣泰、刘应坤、纪用、陶文、满桂、赵率教等等诸将都是官俸加了三级，满桂与赵率教各自加了太子太师与太子少傅的头衔。（虽然是虚衔，但听着还是蛮尊贵的）
可唯独袁崇焕的官俸只加了一级，官职一级也没有升。原因很简单，而且很荒谬。因为宁锦大捷与袁崇焕关系不大。
魏忠贤将此次宁锦大捷的功劳一方面归功于自己对前线将士的无私捐助，另外一方面则归功于刘应坤的运筹帷幄，纪用的临危不乱，满桂的骁勇杀伐。总之，宁锦大捷基本上与袁崇焕没有什么关系。
其结果就是魏阉一党全部加官晋级，魏忠贤的侄子魏良栋，魏良卿，孙子魏鹏翼全部受到了册封，袁崇焕却直接被漠视。
袁崇焕是个个性极强，而且心胸狭隘的人。这样的礼遇，他焉能咽得下这口气。袁崇焕上疏朝廷，说自己有病。这个理由和当年的孙承宗基本一样，无非是胃疼、咯血之类的。
在宁锦大捷之前，袁崇焕就曾经以身体有病为由，请求辞官。当时皇太极刚刚登基，势头太盛。天启皇帝并没有准了袁崇焕的奏疏。但如今宁锦一役，极大地挫败了金军的锐气。朱由校考虑到如今关外的明军士气强盛，即便没有袁崇焕，也不会轻易动摇军心。所以大笔一挥，就准了袁崇焕的辞职。
袁崇焕离开山海关的时候和当初满桂离开山海关基本上大同小异。唯一不同的是当年王之臣怜惜满桂之才，将其留在督府内任职。如今的袁崇焕，孑然一身，形影相吊，除了赵率教，再也没有一个人为其送行。
宁锦大捷的消息传遍了中原大地。当然，得知消息最早的还是逸晨、梦嫣等人