远卫的守军早已吓得望影而逃，宁远卫如今已是一座空城。
豪格并未占领宁远卫，当他发现宁远卫已是一座空城的时候，便撤兵了。而方一藻紧闭山海关，再不敢向锦州发一兵一卒。
清军一撤兵，辽东巡抚方一藻便向朝廷奏请，赶紧派一名新的总兵官，驻守宁远卫。
崇祯皇帝征求蓟辽总督洪承畴与关宁两镇兵马督监高起潜的意见，二人商议了一下，纵观山海关内外，只有祖大寿的外甥吴三桂堪当此任。
崇祯十二年十一月，吴三桂被升任宁远团练总兵，时年二十七岁。
为了不让吴三桂重蹈金国凤的覆辙，洪承畴建议崇祯皇帝，将派在宁远的监军撤回。赋予吴三桂招兵、征粮等各种权力，最重要的是绝对的指挥权。
崇祯皇帝犹豫了很长时间，因为他生性多疑，不相信任何在外的将佐与官员。自打崇祯登基不久，崇祯皇帝就把自认为最信任，最得力内府宦官，派到九边十三镇，监视各镇总兵的一举一动，并随时回报给自己得知。
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