夭折给海兰珠造成了极大的打击，自此海兰珠郁郁寡欢，神不守舍，身体越来越差。
今日海兰珠薨逝，皇太极就像心被掏空了一般。皇太极数次在梦中哭泣，有时因悲痛过度而昏迷不醒。
众位王公大臣、贝子贝勒交相劝阻：“宸妃已逝，陛下应善保龙体，勿以儿女私情坏了身子。您还是应该以国事为重啊！”
皇太极听出来了，群臣有些不太乐意了。
皇太极自嘲地一笑，说道：“诸公说得是。当初太祖驾崩之时，朕也未有此等的伤情。朕作为一国的天子，岂能为一个妇人如此悲恸。”
说是这么说，皇太极的心中自此落下了病根。九月二十九日，皇太极召集满朝文武为海兰珠发丧。
皇太极在祭奠的大礼上，亲自宣读祭文。宣读过程中，皇太极数次哽咽，难以继续。海兰珠死于崇祯十四年九月十八日，享年三十三岁。
自此后，只要是皇太极活着的时候，皇太极数次祭奠海兰珠。有月祭，大祭，冬至祭，周年祭，甚至是每年岁暮大祭列祖列宗之后，皇太极也要带上文武百官与内宫各个福晋去海兰珠的坟前祭奠。
为了寄托哀思，皇太极几乎取消了一切喜庆宴会。据说在崇祯十五年八月的时候，郡王阿达礼和辅国公扎哈纳悄悄地在家中玩乐。鼓乐的声音稍微大了些，传到了内宫。
皇太极勃然大怒，将二人的的王公桂冠立刻给抹掉了。后来等到了海兰珠的丧期过后，两人的爵位这才恢复。
那些其他不守皇命的人，一律遭到没收家产、罚银、鞭笞、贯耳鼻等处罚。
海兰珠死后，入葬清昭陵，谥号“敏惠恭和元妃”。
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