神纪元经过了十万年短暂的辉煌，从而终结，形成了一个新的仙纪元，伏羲不愿神界的孤寂，又不愿去看鬼界黑暗的悲伤，于是就留在人界，被尊为人王。
只是人界寿命有限，虽有转世轮回，却也是非常弱小，神、魔两界固然强大，有超然的寿命，一旦身死，便将会真灵泯灭，从这世间永远消失。
在女娲创造人类生物出现的一百一十万年后，魔王傲天恢复功力，得知盘古神斧已裂，欲夺取三界。
魔界经过这无尽岁月的修养，现在已经非常的强大，足以与神界抗衡。大战再次爆发，魔王率领百万魔群与神、人、鬼三界宣战，三界在女娲伏羲的带领下，率领众仙人迎战，这场战斗比之之前更加的惨烈，人界、鬼界率先被毁，魔界随后攻入神界，众仙不敌，神界死伤惨重，人界更是一片哀嚎，寸草不生，鬼界冤魂哭泣无处藏身，世间到处是孤魂野鬼。
女娲、伏羲见三界都如此惨烈，只有动用盘古之眼来寻找盘古神斧化作的九件神兵，希望能再次战败魔王，时间紧迫，女娲、伏羲只寻得其中两件神兵，天邪剑和仙魔琴。伏羲掌剑，女娲持琴，对战魔王，双方战斗十天十夜，这场战斗异常恐怖，天地都为之变色，鬼界一片黑暗，神界一片死寂，人界寸草不生，就连天空也因大战的威力太大而破开大洞。
最终伏羲为救女娲战死，魔王战败，女娲毁魔王魔根，将魔王的魔灵封印与幽冥之底，魔剑趁机逃离，魔群退回魔界阴山。只是天空因为大战而破开大洞，天外陨石接连飞落砸向地面，人间犹如炼狱一般，苦不堪言，女娲寻遍大地，找到自天地初开孕育而成的七彩神石，炼造天网，暂时将天空大洞修补。
伏羲战死，天邪剑失落人间，不知所踪，女娲因感怀伏羲之死，为伏羲建陵，伏羲之陵具有灵性，每隔百年便会移动，伏羲陵墓所到之处必定祥瑞之气常绕，妖魔不侵，仙魔琴琴弦已断，被女娲留在神界，由神界仙女看守。女娲悲悯人界，自毁仙根修复大地的创伤，其仙灵飘迹宇宙，寻找混沌之灵来修复破损天空。
神界亦从此秩序紊乱，天道法则不全，女娲走后，神界无神，亦改名为天界，天界仙人不可随意下界，否则神力会慢慢溃散，导致仙陨，且众仙法力得不到提升，天界人才凋零，往日玲琅满目，仙满为患的场景再也不见，那次大战损失了天界九成的仙人，连女娲也被逼飘迹宇宙。
三界重回宁静，万物一片祥和，秩序维持，大战之中人界毁坏非常严重，不少修仙门派损毁，人才尽失，