去世后的第二年，祖父也抑郁身亡，将死之际，祖父将红月之刃传给山本正夫，并向他讲述了祖上的一些荣光事迹。
这一年，山本正夫大概六岁，又一年后，山本正夫的母亲改嫁，继父是一个相当精明的家伙，很快，母亲便沉浸在了新婚的快乐中，又生下了两男一女，算是山本正夫的同母异父弟妹。
在这之后，山本正夫的性格开始变得沉闷乖戾，在父亲和祖父之死造成的巨大伤痛之外，母亲的改嫁想必也令他倍感冷落。
有一段时间，他开始执迷于那些武士故事，祖上凭借红月之刃孤身救主，从而荣享五百石俸禄的事迹更是令年幼的他内心澎湃不已，进而发奋图书。
推断当时的他，受到了继父和弟妹们的冷落排挤，十三四岁便开始在外寄宿求学。
他对细菌和生物学很感兴趣，曾因在寄宿之所培养细菌，而遭受房东的驱逐，自学了大量生物学、病毒细菌有关的书籍，这可能跟他父亲死于瘟疫感染有关。
山本正夫顺利进入东京帝国大学生物学系，同时兼修医学，此时的他已经更为孤闷，内向。
虽然在学业甚至学术上深得老师和同学们的青睐，并且在大二时已经发表了几篇关于深海鱼类寄生病毒的论文，但他仍旧孤独一人。
日常学习和生活中，除了同老师以及几名老师的助手有些交集、对话外，几乎不与人交谈，一个男性友人都没有，更谈不上女朋友了。
在大三时候，山本正夫就被一名军部的间谍人员盯上了。