首的载垣、端华二人乃是世袭罔替的“铁帽子王”，符合朝廷“议亲议贵”之条，况且清朝开国至今，还没有公开杀“铁帽子王”的先例。当然也有人颇能对肃顺看法持平，认为他虽然狂悖跋扈、目中无人，但对朝廷的莫大贡献也是有目共睹的。尤其是他一手维持的、以曾国藩为统帅的湘军，刚刚从太平天国手里夺下长江第一重镇安庆。安庆是太平天国首都南京的最后一道屏障，夺回安庆，则打下南京也就是指顾间的事了。此正当肃顺功劳彰显的时候，却被处以极刑，难免会让局外人想起“兔死狗烹、鸟尽弓藏”的话来。也说不定就会寒了前方浴血奋战的湘军将领的心，再激出什么意想不到的变故，局面就真的不好收拾了。而且要处置顾命大臣这样的重臣，不征求曾国藩等前方重要疆臣的意见，也实在很难说得过去。更要命的是这里面还搅和了一个果兴阿，固安军陈兵京畿，随时都有可能动武兵谏，处置肃顺也不得不考虑果兴阿的态度。当然这样的意见，此时也只是腹诽而已，当此情势，是无论如何不能拿到桌面上去讲的，否则就会有“附逆”之嫌。总之这部分人是主张从轻处罚的。
还有一种意见则是主张对顾命八臣、尤其是对载垣、端华、肃顺三人，进行严厉处置。这部分人中大多数是不满肃顺等人的跋扈，当然也有些人是揣摩到慈禧太后和恭亲王有必欲置肃顺于死地的意思，“闻风希旨”，拍皇太后和恭亲王的马屁，对肃顺落井下石。更有一种人是公报私仇的，肃顺为政的风格严厉，得罪了很多人。咸丰八年，肃顺处理“顺天科场舞弊案”时，就曾经坚持杀了当时的文渊阁大学士、军机大臣柏葰，柏葰的门生故吏众多，这些人当然对肃顺恨之入骨，比如参加这个会议的刑部尚书赵光，就是柏葰的门生。刑部掌管“秋曹”，所以赵光的意见当然至关重要，他强硬坚持要杀掉肃顺，为他老师报仇的意思，几乎是尽人皆知的。而主持会议的恭亲王以及大多数王公大臣都并不反对，那些隐隐为肃顺抱屈的人，也就无可奈何了。所以会议的结果，是给载垣、端华、肃顺三人拟了个凌迟处死的处分，也就是老百姓通常说的“千刀万剐”。其余景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛诸人，皆拟革职，并发往新疆效力赎罪。
恭亲王将这次中央政府各部门联席会议的结果上奏后，两宫皇太后立即批准，并正式颁布上谕，公告天下。因大清有一个不成文的规矩，就是历来臣下所拟的给犯罪大臣的处罚，都要比最后该大臣所得到的实际处罚要重。以便于皇帝在做最终裁定的时候，“充好人”来减刑，以示“皇恩浩荡”