新政府军北陆方面军占领了越后中西部的小千谷，传令附近诸侯迅速表明态度，是支持新政府，还是支持“朝敌”德川氏。
消息传到七万石的幕府谱代长冈牧野藩，家老河井继之助召集群臣商议对策，部分家臣倾向于新政府，部分倾向于旧幕府，互相攻讦不休。最终河井继之助敲定了“武装中立”的方针，并且亲自前往小千谷去和新政府军谈判。
河井继之助希望新政府军考虑长冈藩内舆论无法统一的矛盾处境，暂且绕过长冈藩东进，然而这个要求却被新政府军军监岩村精一郎一口回绝了。继之助劝说道：“德川氏已经表示恭顺，江户城也打开了城门，时至今日，战争已经毫无必要了。如果开战，只能导致生灵涂炭和国家疲弱，西方列强趁虚而入。贵军暂且绕路而行，以待本藩内部继续讨论对策，又有何不可？”
继之助所言很有道理，然而从新政府军的角度来看问题，是不能在长冈藩向背不明的情况下轻率东进的，那样等于在自己背后埋下了一颗*。最终谈判破裂，恼羞成怒的河井继之助回到长冈，立刻秣兵厉马，准备和新政府军恶战一场。
不过长冈一个区区七万石的小地方，虽然经过河井继之助多年经营，兵强马壮，也终究是无法与新政府大军相抗衡的。于是继之助就加入了以北陆和东北地区旧幕府亲藩、谱代为主体所组成的“奥、羽、越列藩同盟”，求取援兵，共同拒敌。
同盟军北陆地区的主将就是河井继之助，而新政府军的实际指挥者是北陆道镇抚总督府参谋、长州重臣山县狂介。双方于五月十日首先在信浓川边交上了火，第一回合，因为尾张藩兵的临阵退缩，新政府军吃了个大败仗，随即山县狂介率领长州军于十一日展开全面反攻，占领朝日山制高点，扭转了败局。十三日凌晨，同盟军对朝日山发动猛烈攻击，新政府军不敌败退。十九日，山县狂介率军绕道奇袭并且攻占了长冈城，给同盟军造成了心理上的沉重打击。
到了六月份，奥、羽、越各地同盟诸侯的援军纷纷开到前线，而解决了上野“彰义队”问题的新政府东海方面部队也陆续向北增援，双方实力同时壮大，新的激战一触即发。七月二十七日，河井继之助利用对附近地理非常熟悉的优势，派兵奇袭长冈，夺回了藩城。然而正当他想要乘胜追击，彻底击溃新政府军的时候，却发现战斗力闻名天下的萨摩军大举来援，并且已经逼降了长冈西面的新发田沟口藩。
在与萨摩军的恶战中，河井继之助腿部中弹，被迫退离战场。失去了主将的同盟军就此