6名宫女押到西市街口，砍断四肢，割断咽喉，凌迟处死，枭首示众。其他受到牵连致死的还有100多人。这就是“壬寅宫变”。
方皇后又命人将知情不报的王宁嫔和曹端妃拉到一个僻静的角落里吊死了。
心惊肉跳的朱厚熜慌乱中搬出了紫禁城，住进了西苑(今天北京北海和中南海)的万寿宫，把朝政交给严嵩主持，自己深居皇宫专心修道，只求长生。
他20多年竟然不上朝理事，由严嵩擅权17年之久。
严嵩立朋党，除异己，造成兵备废弛，财政拮据。农民起义频繁。社会危机日益加深。
大明中期，鞑靼部统一了蒙古各部。俺答汗执政的时期势力最为强盛，屡次骚扰中原汉地。1551年，鞑靼的俺答汗来到北京郊外，大肆烧杀抢掠，数日之后满意而去。史称“庚戌之乱”。
大明的边将为了保官升职将大半的军粮贿赂了严嵩，导致官兵饥饿疲惫，无力抵抗鞑靼的骚扰，经常爆发叛乱。
东南沿海的海防十分空虚，一些重要地段的兵船匮乏，致使倭国的海盗大举进犯。虽然戚继光、俞大猷等著名的抗倭将领取得了决定性的胜利，但是，1552年以后的几年间，倭寇杀害了数10万江浙军民。
淳安知县回回人海瑞升任到户部主事，看见皇帝不务正业，国家陷入危难，怀着一腔爱国热血写下了《直言天下第一事疏》，严厉批评皇帝妄想长生，无父子、君臣、夫妇之情，然后置办了自己的棺木，与妻儿诀别，遣散了家童，向皇帝上疏死谏。
朱厚熜本来要杀掉大胆的海瑞。
徐阶为海瑞说情道：“海瑞想当比干。皇帝想成全他当忠臣的名声吗？”
朱厚熜悻悻地说道：“把他比作比干，我不是成了昏君纣王了吗？”。
朱厚熜将海瑞关进监狱，10个月时间不理睬他。
1566年1月23日，朱厚熜中毒死亡，走完了他的人生道路。
同日，身为女官和坤道的巩囡囡也神秘地失踪