巴达维亚有欧洲各国男女约四万人，主要人口是葡萄牙人，西班牙人和荷兰人。
明军向其中的贵族索要高额赎金，而其他人照例被刺字贬为奴隶。
只有医生得以幸免，他们的医院和财产得以保留，并且被允许继续居住在巴达维亚内城。
经过连番大战，明军虽夺取了香料群岛控制权，但损失惨重，且需要应付荷兰人可能会有的报复。
而巴达维亚华人只有不到一万，急需补充人口。
朱克臧将巴达维亚内城漂亮的小洋房和城外富庶的田地冲抵抚恤金赐给阵亡战伤士兵和华人的家眷，如此，三月就会有数万华人前往巴达维亚接收自己的财产。
巴达维亚是荷兰人取的名字，华人唤作咖留城，如今更名为少保城，无疑是纪念伟大的军事改革家戚继光将军。
晋王城，少保城的炮厂，造船厂等被拍卖给华人，年末已接到了第一笔订单，修复受损的明军战舰，改造缴获战舰，并按照明军标准赶工铸造各种型号的火炮。而东宁府造船厂也在热火朝天的打造第四支舰队。
陆军第三镇，水师一镇三镇奉命驻守香料群岛，清剿残余的西荷葡势力，招募华人士兵。
除此之外，仿照欧洲列国，明军还招募土人，组建殖民地兵团，军官由华人出任，土人士兵立功也可升为低级军官，饷银抚恤犒赏和近卫军一样。
朱克臧的五叔朱宽被任命为吕宋省巡抚，在吕宋之战中表现优异的陆兴被任命为婆罗安抚司安抚使，林升被任命为首任爪哇总督，接收荷兰人遗产，管理满刺加（马六甲），苏门答腊岛，爪哇岛。水师第一镇提督由花沂接任。
万延三年正月十六，朱克臧被封为闽王，太子少师。
祭告太庙平夷得胜后，东宁举行了盛大的授勋仪式，表彰在长达半年的战斗中为国奋战的军人。
张北角荣立一等功二等功各一，阶品升为武德将军，饷银升到每月七两，授勋骁骑尉，御赐金玉銮带。
赖添丁荣立二等功，阶品升为昭信校尉，饷银升到每月五两，授勋云骑尉，御赐银鎁瓢。
明军不按割人头割耳朵领犒赏，而是按照任务难度，危险度来定犒赏，完成任务的部队，上至军官下至后勤局伙夫都能分得犒赏。
作战尤为杰出的评定军功等级，以为晋升之资。
公正的军功赏罚体系才能激发士兵的战斗热情，才能最大限度的提高可容忍战损率。古代军队战损率达到3%就会溃败，