万正色无计可施，只能以提督之尊亲自督战，鼓舞士气，勉力支撑。尽管他有八十门火炮，此时却觉得心力交瘁，明军躲在死角，还挖了壕沟，构筑了坚固的胸墙，八十门火炮成了摆设，偃旗息鼓。士兵们一个个抱着脑袋到处找寻地方躲藏，被督战官砍了好些个脑袋。万正色心急如焚，却又无计可施，到底该如何应付？出城被击退，防御成了等死，突围的话又身处小岛，逃到山上会被明军放火烧死。万正色哀叹道：“半辈子都没打过这么憋屈的仗。”
闵维重被深深震撼，明军的作战方式如同工笔画，一丝不苟，没有他在兵书上看过的奇谋阴谋阳谋，就是倚仗火炮之猛狠狠打击敌人，而且伤亡极少，中弹跌落的清军尸体却已铺了一地。
火炮轰击了三个时辰，南面洽德门瓮城和内城墙大片垮塌，六镇水兵按照原定计划开始攻城。十一营三个千总部，一个径直前去攻取北面潢枢门，一个在内城中心作为接应和援兵固守，一个往东去启明门，十二营分出一个千总部往西攻取怀音门，其他士兵分别守在四个城门处，防止清军突围。
闵维重心道：“兵法云，围三缺一，正是怕敌人困兽犹斗，他们攻城却是一副斩尽杀绝的姿态，着实凶悍。”
水兵带着轻便的三磅炮进入厦门城，遇到敌人，掷弹兵首先投弹攻击，水兵再上去趁乱剿杀。清军大队人马在各处设伏拦截，藏在暗角中的射手对明军士兵进行偷袭干扰。
跟着第一千总部首先入城的田川孙左卫门迅速下达命令：分出一个局，以十人小队为编制清除主力附近埋伏的暗桩。这是明军围剿承天府附近深山生番时总结出来的经验，生番打游击，那么就派人和他打游击，主力在散兵保护下前进。
第一千总部和第二千总部依次入城，艰难的向既定目标推进。由于朱克臧一向将俘虏的清兵充作奴隶使唤，厦门城四面又被包围，城内清军没了活路，负隅顽抗，数次反扑，战斗进行的格外激烈。
田川孙左卫门还是穿着从前朴素的半身板甲，站在队列中毫不显眼，不远处的清军用沙袋和尸体构建了一道垒墙，火绳枪鸟铳手站在垒墙后进行三段式射击。田川孙左卫门把炮兵调到前面，用三磅小炮轰击垒墙，而明军的滑膛枪手也在进行三段式连射，他们的速度比清军快上数倍，打的鸟铳手发射时都不敢伸出头。
副将诺郎亲自带领马甲从侧面冲击入城的明军，步甲也趁机出动，城内清军力图将明军分割开来逐个击破。第一千总部在数倍敌人的攻击下陷入血战，但仍在