先于日本之前求册封的是琉球国王尚志，其与台湾相隔极近，几乎日日覆盖在明军水师威压之下，想继续做清朝藩属不可能也不敢。明朝派遣使臣赴琉球册封，下改元令，颁科举诏，琉球重归前宗主国，启用明朝年号。不过，朱克臧借口琉球侍主不忠，褫夺其国封号，降级为琉球宣慰司，封国王为世袭罔替琉球侯，由其担任宣慰使。日后，琉球侯非但需要明朝册封，子嗣也需派去承天府受学，否则取消承袭资格。
尚志当然知道这是改土归流之策，但国力弱小，也无可反抗。明军不费吹灰之力就驱逐了日本岛津藩设立了几十年的在番奉行，占据了那霸港，取代日本监视琉球内政，监督琉球贸易。
琉球本身土地贫乏，没什么产出，国王和贵族才能吃米，平民前期靠苏铁果实，后期靠番薯玉米为生，主要靠转口贸易致富。16世纪末至17世纪，随着西方国家与中国建立直接的贸易联系，以及萨摩入侵，琉球的转口贸易地位趋于衰落。此后，琉球的财政日益窘迫，有时甚至出现无钱接待册封使而向萨摩藩借贷的情况。
为了安抚琉球士族，朱克臧将其纳入明朝国民，登记户籍，分发身份文牒，允许其自由往来明朝属地，悬挂明旗从事贸易，那霸港的贸易税则取出一半分给琉球王族七大姓。除此之外，又替弟弟海澄公朱克爽向尚志求亲，选琉球王室女为其正妻，令琉球贵族深感荣耀。朱克爽原本正室是冯锡范的女儿，处决冯锡范后，朱克臧强迫二人离婚，将冯女赐给下级武官。今年朱克爽虚岁十五，加冠之龄，被赐爵海澄公，确实到了再定一门亲事的时候。
那霸港的唐人久米村是洪武皇帝派遣到琉球进行朝贡贸易的闽中舟工后裔，在琉球地位很高，多出任琉球王府要职，三司官辈出。但朱克臧并未重用他们，反而从承天府派遣官员过去任职宣慰司同知，副使，经历，都事，令其逐步掌控琉球朝政。
历史上，带有汉族血统的金世宗是极端反汉化的，推行女真为本的政策，保持文化上的独立性。清朝的乾隆也是一样，因为汉人血统过多，反而多次强调“国语骑射”，发动的文字狱最多，对汉人压制最重。而西夏王朝，凡是汉人主政就推动党项化，反而党项人主政时会推动汉化。美国的华人教授给华人的分数是最低的，要求是最苛刻的，反而白人教授要宽容的多。正因为自身正统性受怀疑，所以为自证清白，二鬼子往往比大鬼子凶。
皈依者狂热。历代皇帝们早就注意到了这一点，很多时候，皈依的外族比本族更忠诚，从汉朝到明朝