明国大军去辽东时，承天府近乎一座没有兵力的空城，只有安平城和军械局安排了炮兵和京卫指挥司的战兵守卫，其他地方都面临奴隶造反和生番来袭的危险。陈绳武五户抽一丁，组成治安队，配发武器弹药日夜巡逻防备，效果极好。特别是熟番百姓，不光打退了生番，还深入山林烧毁村寨抢掠财物，将生番进一步逼往中部密林。
荷兰人统治时期，利用生番压制汉人。郑芝龙旧部郭怀一起义，攻占了赤嵌城，荷兰人以每颗汉人人头一絖布的悬赏，从新港、萧垄、麻豆、大目降、目加溜湾等村社召集生番两千余人对义军发动进攻。郭怀一与部下一千八百余人就义，义军余部突围后仍然与荷兰殖民者战斗，最终大部分牺牲，起义被血腥镇压。作为报复，荷兰人对未参与起义的汉人也进行了屠杀。
国姓爷攻打荷兰人时，垦荒屯田的士兵常被生番虐杀，汉人又以屠村回敬，所以汉番之间一直嫌隙很大。经过二十多年的治理，郑明基本将南部生番收编，但其他地方仍旧是茂密的原始森林。
朱克臧在祖辈剿抚并用的基础上，对熟番进一步拉拢，对生番进一步压榨。将日常生活讲汉语的熟番定为国人，享受较低的地丁银税率，战时也不限定大米供应，且能从事食盐、烟酒、樟脑等高利润的贸易和生产，鼓励汉番通婚；同时加大生番税赋，掠夺生番赖以生存的森林资源和动植物资源，禁止生番接种牛痘，禁止大夫替生番诊病，实行保甲连坐和举报保密奖励机制，将反汉反明组织连根拔起屠杀殆尽。
萝卜和大棒双管齐下，已经初步有了效果，活不下去前来归附的生番日益增多，而熟番中的年轻人讲汉语的也越来越普遍，和汉人的风俗也越来越接近，相近的文化使得这些人和汉人更亲近，而疏离于同部落不开化的生番。
熟番得到国人身份后，纷纷贱卖房屋，搬去汉人聚集区居住，那里更加干净卫生，机会也更多。朝廷禁止汉人辱骂歧视归化的国人，违者罚款，宣扬“国人一体，一视同仁”。
持续一年多的战争，还要安顿新移民，使得粮食供应极为紧张，国人之外都被暂时剥夺了吃大米的资格，所有大米都运往各个战场和婆罗洲，爪哇州。日日土豆红薯玉米的生活让明国内部骚乱不断，奴隶和民人奋起反抗，被各地国人自卫队击杀不少。
承天府附近的生番趁机大举来犯，熟番国人为撇清关系，赢得汉人认可，作战极为卖力，战死战伤不少。鉴于熟番的彪悍和战斗力，以及对热带山林的熟悉，大战之后，明帝国便开始组建