双方就这样相持了十多天，努尔哈赤已经找到了守军的弱点，吕宋大炮虽然威力大，但过于笨重不能快速移动，只要绕开这些大炮的射击区域，就可以全力攻城。
眼见破城有望，努尔哈赤连夜部署人马，传令兵却给他带来了两盆冷水。一是明军主力开始向抚顺方向移动，意图切断八旗兵的后路。二是赫图阿拉城外发现两支五千人的骑兵，他们准备刨了努尔哈赤的祖坟。
原来，在努尔哈赤大军开拔的同时，左战秘密派遣黄得功、曹文诏两员虎将，各带五千勇卫营到达皮岛，与袁可立、毛文龙的水师合兵一处。等到沈阳保卫战开打，皮岛的军队登陆后直扑赫图阿拉。此时城内只有老弱把守，很快便被明军攻陷，袁可立、毛文龙将城内的家眷、财物从海上押解到京师，黄得功、曹文诏烧毁房屋后率部向清河进攻。
此时的努尔哈赤如梦初醒，明军主力一直按兵不动并不是被打怕了，而是在迷惑自己，吸引八旗主力攻城，然后派奇兵奔袭自己的老窝。一旦自己的大军想回撤增援，明军主力和沈阳守军会立即出击。这种结果是他承受不起的，明军败了可以卷土重来，他若败了就什么都没了，果断丢下城外那一万多具尸体，连夜撤到杨松岭一带布防，阻断明军主力东进的路线，派代善、岳托率正红旗寻找境内的那两股明军。
沈阳的捷报很快传到京师，朝野上下大悦。左战按捺不住内心的激动，在勤政殿内连说了三个好字。如果真的打败了努尔哈赤，那历史将被改写，他和中华民族又该何去何从？
不过努尔哈赤主力尚在，左战不敢大意，看完熊廷弼发回来的密报，又拿起他写给神宗皇帝的奏折细细斟酌。
当初萨尔浒惨败，铁岭、抚顺、清河相继失守，熊廷弼发现辽东已经守不住，便提出了著名的三方布置：以山海关为中心，往北打造关锦防线，阻止八旗兵绕到宣大防区；以天津、登莱为中心，训练水兵准备跨海登陆作战，直插建虏后方。
这个方案前面是对的，后面却是异想天开。一旦将辽东拱手相让，辽南和朝鲜也要丢失，努尔哈赤将有足够的实力去征服蒙古。届时关宁锦防线就是摆设，他完全可以从宣大防区直插中原腹地。由此可见，熊廷弼是位优秀的将领，但绝不是帅才。
如今努尔哈赤后撤到铁岭、抚顺、清河一带，明军士气高涨，已经进入左战预想的第三阶段，一个新的三方布置已经浮现：由蒙古骑兵出击铁岭，打通与通古斯、叶赫的联系，防止建虏北上逃窜；由李如柏率朝鲜军队从义州