巴拿马地峡原为奇布查、加勒比等印第安人部落聚居地。1501年，巴拿马沦为西班牙殖民地，属新格拉纳达总督区。
正德十七年（1526），齐王朱厚炜带着当时年仅十六岁的儿子辽王朱载祺率领远征舰队，从关岛出发直赴南美洲，一举击败西班牙舰队，夺取了巴拿马城。新格拉纳达总督向大明投降，割让了整个巴拿马地峡以换取和平。
从此，辽王朱载祺就留在了美洲大陆，成为了大明的美洲总督。时间一晃五十多年过去了，到了1570年，辽王朱载祺已经六十六岁，成了一位耄耋老人，1569年辽王卸任美洲总督的职务，回到了阔别已久的北京城。
朝廷根据美洲的实际情况，将美洲大陆分为三个总督区，分别是巴拿马总督区，墨西哥总督区以及北美总督区。分别由朱载祺的三个儿子朱翊淦、朱翊鎜、朱翊鏖担任总督。其中长子朱翊淦担任巴拿马总督，负责管理大明在南美洲两百万平方公里的领地，管辖的范围包括后世的哥伦比亚，巴拿马以及洪都拉斯一部分地区，紧挨着西班牙新格拉纳达总督区。
经过五十多年的发展，巴拿马辖区发生了翻天覆地的变化，尤其是巴拿马地峡迅速成为了巴拿马辖区的经济中心。1550年巴拿马两洋铁路修通，1565年巴拿马运河的修通，这两条交通要道的修通极大的繁荣了巴拿马地峡的经济。交通的便利，也使得这里成为了大明移民在美洲最为集中的地方。
根据1569年的统计，在巴拿马辖区总共有六百万大明移民生活在这里，移民大部分来自广东福建两地，比较适应本地的气候。主要从事采矿业和农场。巴拿马总督区辖地矿产资源丰富，主要以矿产资源丰富，石油、煤炭、绿宝石为支柱产业。农产品以水稻、玉米、香蕉和咖啡为主。
至于为什么巴拿马没有发展工业，这也与大明朝廷有个心照不宣的规定有关。为了维持中央政府的统治，避免海外领地独立，所有大明本土以外的海外领地不可以发展重工业，经济主要以轻工业、采矿业和农业为主，所有被分封到海外的王爷心里都很明白，这是一条绝不能触碰的禁忌。
巴拿马城是一座临海靠山，风景如画的海口城市，条条街道笔直整洁，古香古色的佛寺、道观与式样新颖的现代建筑交错相间，绿树掩映，花草簇拥，赏心悦目。登上城市西郊的安康山放眼四望，近处那些古香古色的佛寺道观与式样新颖的现代建筑交错相间，绿树掩映，花草簇拥，条条街道笔直宽阔，整个城市显得整整齐齐，壮丽典雅