九月五日。
武田家开始从各路向伊贺国发动进攻，
伊势地口，由武田信繁挂帅，率领直属军团两万军势，柘植口，由武田信廉，望月信永等近畿四国大将，两万军势，玉滝口由望月信永，大熊朝秀，高坂昌信，的两万军势，笠间口由德川家康，佐竹义重率领的外样军团两万军势出阵。
初濑口则由原昌胤，马场昌房，保科正直两万军势进入，多罗尾口，则由其余众大名联军并入攻伐。
至于京极高吉，细川藤孝等大将则继续包围甲贺。
武田信繁下令，大军所经之处，寸草不生，人畜不留。
为对抗武田家的大军拉网合围，伊贺三上忍中的藤林长门守，百地丹波，柏原城主龙野吉政，将伊贺全民皆兵，一同对抗武田家的袭击。
伊贺忍者以及所有物村百姓，以伏击，夜袭，下毒等手段对抗入侵大军。
这样全民皆兵的战法，一时之间令武田各军势伤亡不小，而武田军亦是放开了手段，坚决执行武田信繁的命令，一草一木不留。
柘植口的，由武田信廉，望月信永率领的主力，经过多日激战之后，攻克了比自山城。
其余各部亦是一路烧杀，攻至了柏原城城下。
柏原城中汇聚了从各地逃亡来的伊贺忍者，百姓五千多人。
在城主龙野吉政的带领下，与城外五六万武田家，展开激战。
武田军白天攻城，忍者是夜间袭击。激战持续了五日，武田军多部被忍者袭击，而溃败。
之后伊贺忍田城，为武田军大将马场昌房率领攻陷。
望月信永将之附近村落，两千余人尽数屠杀。
武田信繁率领主力前来柏原城城下。战局已无悬念。
龙野吉政率领剩余忍者众，朝着武田信繁本阵的方向在夜间发动决死突击，一连攻破武田军数道防线。
最终攻之武田信繁旗印不足一百间之处，龙野吉政立竭而亡，而伊贺忍者全员战死在此。
而伊贺三上忍中。百地丹波率领白地家柏原城，以寡击众。
在传说中，百地丹波本人以绝代忍术，击杀五百多名敌军后力战而死。
另一上忍藤林长门守却不知所踪，传说其一人杀出重围，逃亡而去。
最后的服部家，则是出仕德川家。而网开一面。
德川家康秘密违反武田信繁之令，乘着这次伊贺征伐，命服部半藏出面，将不少伊贺忍者皆收