、陈留而归。荀彧乡人多数死于战乱。
初平三年（192年），曹操领兖州牧，后为镇东将军。荀彧则以司马身份随其征战。
兴平元年（194年），曹操东征陶谦，张邈、陈宫乘机在兖州反曹，暗中迎接吕布。时荀彧和寿张令程昱守鄄城（今山东鄄城北，兖州治所），吕布到后，张邈派刘翊告诉荀彧：“吕将军来帮助曹使君进攻陶谦，应该马上供给他们军备粮食。”众人疑惑，唯荀彧知其计，立即命令军队加强防，并急召东郡太守夏侯惇。而兖州诸城皆响应张邈，投靠吕布阵营。当时曹操率大军出征，留守的兵力很少，而且很多人都与张邈、陈宫勾结。夏侯惇到后，乘夜诛杀谋反者数十人，军心乃安。
豫州刺史郭贡受吕布煽动，率众数万来攻，军中甚惧。郭贡要求见荀彧，荀彧准备前往，夏侯惇等人说：“您是一州的屏障，如果前往一定会有危险的，不可以去。”荀彧说：“郭贡与张邈他们，平素并没有什么往来，现在来得急，计划肯定还没有定下；现在趁他计策未定来游说，就算不能帮助我们，也可以使他保持中立，如果先怀疑，那他就会恼怒而定计了。”于是出城会见郭贡，郭贡见荀彧毫无惧意，认为鄄城易守难攻，引兵而去。荀彧又与程昱定计，保全了范、东阿。卒全三城。不久，曹操回师濮阳击败了吕布。
兴平二年（195年）正月，曹操击败侵入定陶（今山东定陶西北）的吕布军。五月，曹操向驻军巨野（今山东巨野东北）的吕布部将薛兰、李封发动攻击，吕布亲自援救，被曹操击败，撤退而走。曹操歼灭巨野守军，斩薛兰、李封，乘胜进驻乘氏（今山东巨野西南）。
此时，徐州牧陶谦已死，曹操获悉后，打算趁机夺取徐州，再回军消灭吕布。荀彧劝阻说：“当年汉高祖保守关东，光武帝占据河内，都是先巩固基地以控制天下，这样进可以制胜，退可以固守，所以虽有困难曲折却最终能完成大业。将军本来是凭兖州起事，平定山东祸乱，百姓无不心悦诚服。况且兖州跨黄河、济水，是天下要冲，现虽残破，但还可以自保，此地就是将军您的关中、河内，不得不先稳定它。如今我们已击溃了李封、薛兰，如果分兵东击陈宫，陈宫必定不敢西顾，我们趁机组织队伍收割麦子，节约粮食，储备谷物，就可以一举打垮吕布。然后向南联合扬州的刘繇，共讨袁术，以控制淮水、泗水一带。如果舍弃吕布不打而东攻徐州，多留守兵则攻城不够，少留守兵就会征百姓也来守城，不能打柴拾草。吕布乘机侵扰杀掠，民心将更恐惧，只有鄄城、范