同伴们来到了埃及。在神之卡的引导下，暗游戏进入了记忆世界回到了三千年前。在记忆世界里他才知道自己面对的真正敌人是谁，那就是三千年前从冥界的黑暗之中所复活的上古邪神——[黑暗大邪神佐克内洛法]！而取回记忆的同时，这场记忆世界所形成的黑暗游戏干扰到了全世界。这也就是1999年所发生的世界灾害！当时全世界的人都以为世界末日已经到来，整个地球陷入一片恐慌。直到最后暗游戏解读出自己的名字呼唤出创世之神才消灭了记忆世界的[佐克]……
取回记忆后，游戏为让暗游戏回归冥界，两个人展开了最后的试炼。试炼结束后，暗游戏带上神之卡进入冥界，千年神器也在完成使命后坠入深渊。从此，决斗王的称号落入游戏之手。新的不败神话也开始了新的续写！
这就是初代决斗王武藤游戏和法老王的故事，1996——1999年这段时间也被人们称为《游戏王DM》篇。因为游戏的事，《游戏王》深入人心。从此，世界人民全都开始了《游戏王》革命。
但是《游戏王》的历史并未就此结束，这只是刚刚开始而已。在2000年，新的故事又开始了上演……
游戏在2000年意外失踪，全世界所有人都在寻找他的踪迹。而在此之前，跟他有过最后接触的人正是他的继承者，第二代决斗王——精灵之力决斗王游城十代！
十代初次与游戏邂逅时，游戏将一张卡托付给了十代。十代本来不以为然他道谢之后就冲向了招生考点处。成功考上决斗怪兽DM学院的十代也开始了在欧西里斯红宿舍的冒险……
除了每天的校园生活外，十代还要面临一大堆杂人趣事。和同伴们一起擅闯禁地并且还和敌人展开黑暗游戏。原本被校方知道后会开除的他与同伴一起组队打倒校方所派人员，就此他又留了下来。
而在这些事情之后，学校理事长影丸挑起[三幻魔]战斗。十代一行人为守护七星匙而战。[三幻魔]虽然在后期复活，但十代凭借着大德寺老师所给予的卡片最终打倒了[三幻魔]。因此[三幻魔]事件暂告一段落。
经过一年的发展，十代升入了二年级，不过他还是欧西里斯红的学生。刚升入二年级的十代在一次战斗中败给了[命运英雄]（D·HERO）的持有者艾德。原本想放弃决斗的他在得到全新的力量后又重返学校，先打倒了艾德不说，十代在参加DM学校大赛的同时还一举消灭了光之波动。从此动摇世界的威胁又一次不复存在……
然而，这只是他成