杨涟做梦都不想到祸起萧墙，出卖自己的人竟然是管家杨忠，他更不会想到熹宗全不念及旧日恩义，杨涟一声叹息，从此以后朝堂将再无杨涟，天下也再无东林学社。至身幽暗无光的天牢，杨涟心中明白，此生绝无可能走出此牢，他不后悔自己的选择，只是痛恨贼臣魏忠贤没有得到应有的报应。
“天心有鉴，必除魏贼”。杨涟仰天长叹，其哀切之声经久回荡于牢房之中。声嘶力竭的叫喊后，杨涟瘫坐在地上，望着漆黑一片的四下，茫然失措。良久.......厚重的牢门被打开，即而有三人顺着石级走了下来。
他们来到杨涟的近前，手拿敕书对杨涟说道:“奉圣上旨意，究查杨涟贪赃一案，现将钦犯带入大堂勘问。”差官宣读完毕，他身后的两名差官走进大牢，架起杨涟就外走。经过刚才那位差官面前时，这位差官狞笑着对杨涟说道:“杨大人，魏千岁托小人向您问好。”
杨涟瞟了这人一眼，跟着两名差役沿石级向上走去。到了正堂，新任寺卿许显纯手拿惊堂木，将案牍震得三响，瞪着一双凶恶的鹰眼，上下打量着杨涟。杨涟虽然知道自己冤枉，现在已沦为阶下囚，国家法度不能废，因此双膝跪地向许显纯施礼。
许显纯见杨涟下跪，以为他心中有屈服之意，趁此机会说道:“杨大人，识时务者为俊杰，只要您招出诬陷九千岁的逆贼，千岁一定网开一面，放您一条生路。”
听完许显纯的话，杨涟厉声斥责道:“许大人，杨某虽身陷囹圄，但圣人教训莫敢忘怀，还知道忠孝节义。您不用枉费心机，我什么都不知道。”
杨涟的话激怒了许显纯，他可是在魏忠贤那立过“军令状”的，不拿到供词，魏忠贤一定不会放过自己。他想杨涟一介书生，三木之下何愁得不到口供?下令将杨涟重打五十大板，直打得杨涟背上血肉模糊，昏死在堂上。许显纯命差役用冷水将杨涟浇醒，然后逼问杨涟到底招不招?杨涟默不作声，许显纯命人上夹棍，断腿之痛再次让杨涟昏晕过去。此后一连几日，许显纯动用了全部刑具，也没有从杨涟口中套出一个字来。
许显纯非常害怕，魏忠贤极有可能以办事不力为由将他治罪，没能揪出杨涟同谋，许显纯以贪赃枉法的罪名将杨涟钉死。随后左光斗等人也惨死狱中，拔掉了眼中钉之后，魏忠贤动用东厂杀手开始大肆缉捕东林社成员。许多人被打入不见天日的深牢，受尽各种酷刑的折磨。还有许多无辜的人受到牵连，但是魏忠贤本着“宁可错杀一千，绝不放过一个”的原则，借着查究杨