徐树兰家有藏书四万余卷，蔡元培如鱼得水。从20岁到23岁的四年里，在此读书，可谓收获满满，学问也有大进。
他为徐氏校刊了《绍兴先正遗书》中的四部书，《重订周易小义》、《群书拾补初编》、《群书拾补补遗》、《重论文斋笔录》以及《铸学斋丛书》等若干书著。这期间，他的读书已“渐从泛览百家进入学有归旨”的境界。
如他自己所说：“治经便于故训及大意。治史偏于儒林文苑诸传。艺文志及其他关系文化风俗之记载。”
值得注意的是，这期间他受到常州学派今文经学家的影响很大。有段时间，他“读庄方耕氏、刘申受氏、宋于庭氏诸家之书，乃致力于《公羊春秋》，而佐之以《太史公书》。油油然寝窥于其间”。
经学是指中国古代研究儒家经典学说并阐明其含义的学问。
今文经学一般是指经学中研究今文经籍的学派。今文经，是指西汉学者用当时通行的隶书传授的儒家经典。
今文经学的常州学派，则是指清代乾隆、嘉庆年间出现的，以庄存与、庄述祖、庄绶甲、刘逢禄和宋翔凤为代表的，研究《春秋公羊传》的今文经学派。
特别是庄存与、刘逢禄和宋翔凤，是常州学派一脉相传的中坚人物。并且，他们的研究已经有了时代元素，所谓“常以微言大意比附现实。初启后来经世致用的端绪”。
庄存与（1719—1788），字方耕，号养恬，江南武进（属常州）人。幼诵六经，尤长于《书经》，乾隆十年（1745年）中乙丑科一甲第二名进士（榜眼），授编修，迁内阁学士。入值南书房及上书房。乾隆二十一年，督直隶学政。官至礼部左侍郎。
性格耿直清廉，在浙江督考时，巡抚送他金子他并没有接受，后来巡抚给了他一个二品官员（侍郎是二品）的顶戴，他接受了。
等到了路上，随从对他说“那帽子顶上的可是真珊瑚，可值一千两金子。”
庄存与大怒，说：“你为什么不早说”。
于是，奔驰千余里将帽子归还。
他当讲官的一天，皇上亲自驾临文华殿，讲习（主要是经史）完毕，同朝为官的人正在等待皇上起身离开。
“公（庄存与）忽然奏告皇上说讲的文章有错误”，说臣的意思是不能这么讲。于是，捧着书本近前讲解。同朝为官的人大惊，皇上为此停留了一会并对他的讲解点头认同。
庄存与为今文经学常州学派首创者。