甲午战争以1894年(清光绪二十年)7月25日丰岛海战的爆发为开端，至1895年4月17日《马关条约》签字结束。
最终，清朝政府和日本明治政府于1895年4月17日(光绪二十一年三月二十三日)在日本马关(今山口县下关市)签订《马关条约》。
根据《马关条约》规定，中国割让辽东半岛(后因三国干涉而未能得逞)、台湾岛及其附属各岛屿、澎湖列岛给日本，赔偿日本2亿两白银。中国还增开沙市、重庆、苏州、杭州为商埠，并允许日本在中国的通商口岸投资办厂。
《马关条约》签订的消息传到国内，中国的失败、不平等条约的签字，深深刺痛了蔡元培这位青年知识分子的心。
个人正春风得意之时，国家却面临灭顶的危难，蔡元培还没来得享受功名带来的荣耀、施展满胸的才华，就值逢国家倾危的巨祸。巨大的反差，对蔡元培的刺激是无可言表的。
国家兴亡匹夫有责，何况蔡元培这样的深怀家国忧患的热血学子呢！他再也无法安心地正襟安坐于朝堂之上，闲散优游于诗酒酬对之中。我们从蔡元培青年时的一些作为中也大致可以看到，这是一个深深把济世情怀、忠孝信义的儒家品质写入灵魂深处的人，这样一个人，怎会只关心个人宠辱而把世事的安危置之度外。
蔡元培认为，甲午战败乃是中国数千年历史上前所未有的奇耻大辱，“聚铁铸错，一至于此，可为痛哭流涕长太息者也”。他说，“韩、魏于秦，宋于金，不如是之甚也”，就是说，他认为这个马关条约简直比战国时期韩、魏屈事于秦，南宋屈事于金更加让国人屈辱。他谴责清王朝的治下“疆臣跋扈，政府阘茸，外内狼狈，虚疑恫愒，以成炀灶之计，聚铁铸错，一至于此”。
1894年底，李慈铭因病逝世，李家南归，蔡元培移居北京城南半截胡同的绍兴会馆。
甲午战争的惨败，促使已近“而立之年”的蔡元培重新思考许多问题。而“甲午之后，朝士竟言西学”的大气候，也推动着他开始如饥似渴的摄取新学。
1895年夏开始，许多朝中官员，特别是主战的清流们，愤于《马关条约》的签订，纷纷请假离京返里。这一年的秋天，蔡元培也向上司乞假回乡一年。
归家途中，元培特赴南京，拜谒了他心仪已久名满天下的两江总督张之洞。张之洞对这以“怪八股”著称的后起之秀也很高看，接待他时，正巧康有为会试时的房师余诚格也在场。他们很自然地谈到了康有为