强大，就像当时鼓吹“实业救国”“工科救国”论者一样，专注于理工。
另一方面，他没有像一些固步自封、夜郎自大的士大夫一样，认为不能因为西方科技发达、东方物质文明落后，就认为中国传统的人文思想和哲学也落后。觉着凡是老祖宗的东西，就都是好的，在人文学科，没有学习西方的必要。
这其实是两个极端。
他对人文学科的重视，足以成为那个大时代的鸣奏曲中一个空谷回音般的音符，具有超越时空的意义。这具体就体现在他对大学学科的定位上。
本来，北大的学科是文、理、法、商、工五科并立，可以说是高大全而没有重点。蔡元培任校长后，坚决主张将北大办成只包括文、理两科的大学。他在北大的学制改革方面首先是调整学科设置。这对一个大学的发展来讲至关重要，将涉及大学的学术定位、思想文化特色的走向。
1917年1月27日，蔡元培在国立高等学校校务讨论会上提议，一般的综合性大学只设立文、理两科，其他法、医、农、工、商五科则设立单独、独立的专科大学，如法科大学、医科大学等。蔡元培批评当时的高等教育过于模仿日本，既在一般的综合性大学中除设立除文、理，同时还设立法、医、工、商等科，同时又有这几个学科的专科学校存在。
蔡元培提出了这种办学方式的弊端：一方面，“同时并立，义近骈赘。且两种学校之毕业生，服务社会，恒有互相龃龉之点”，也就是说，这相当于重复建设，资源重叠，又导致综合性大学和专科大学的同种专业毕业生形成无必要的竞争；另一方面，高、大、全的学科设置，对大学来讲也造成了不必要的负担，分散了大学的办学精力和资源。例如，北大五个学科虽然看起来齐备全面，“而每科所设，少者或止一门，多者亦不过三门。欲以有限之经费，博多科之体面，其流弊必至如此”。
蔡元培力排来自各方的阻力，在北大停办了商科，将北大的工科并入北洋大学，并计划将北大法科分出去，独立成立法学专科大学(这一计划后来没有实现)。同时，大力充实北大的文、理两科。在文科中，除原有的中国哲学专业、中文专业、英国文学专业外，又先后增设中国史专业、法国文学专业、德国文学专业、俄国文学专业；在理科，除原有的数学、物理、化学三门外，又于1917年增设地质学专业。
在蔡元培的领导下，北大建成了一所以文、理科为主的综合性大学。难能可贵的是，蔡元培还提出了“沟通文理”的主张，