《荆生》之后，林纾又作《妖梦》。这篇小说记述郑思康梦游阴曹地府的经历，说阴曹地府里有一所白话学堂，学堂门外有楹联一副：白话通神，红楼梦水浒真不可思议；古文讨厌，欧阳修韩愈是什么东西。
学堂里还有一间“毙孔堂”，堂前也有一副楹联：禽兽真自由，要这伦常何用？仁义太坏事，须从根本打消。
学堂内有三个“鬼中之杰出者”：校长叫“元绪”显然影射蔡元培；教务长叫“田恒”，显然影射陈独秀；副教务长叫“秦二世”，显然影射胡适之。对于这“鬼中三杰”，作者林纾痛恨无比，骂得粗俗刻薄无聊。小说结尾处，作者让阴曹地府中的“阿修罗王”出场，将白话学堂中的这些“无五伦之禽兽”通通吃掉，化之为粪。这显然是一种非常拙劣的影射和比附，有失读书人、写书人风骨与人格。
恰好这个时候，赵体孟希望出版明遗民刘应秋的作品，请求蔡元培帮助介绍梁启超、章太炎、严复、林纾等学术大家写个字或题个辞。蔡元培对这些文化项目从来格外热心有求必应，他分别给这几位写了信。
收到蔡元培真挚、尊敬的来信，林纾很为感动。他们原本就是熟人，只是多年来不曾联系。现在自己写了一篇涉嫌攻击蔡元培的小说，此时此地林纾无论如何都觉得有点不好意思。他一方面嘱人将还没有发表的第二篇小说《妖梦》追回不再发表，另一方面借回信之机直抒心胸，坦言自己对新文化的看法，直率表达对蔡元培的不满意。
五四新思潮中确实有许多不恰当的言论，这些言论也多少都与北大有关，因此林纾对蔡元培作为北大校长的不作为非常不满，他认为，“大凡为士林表率，须圆通广大，据中而立，方能率由无弊”。据此反观蔡校长的言论，在他看来，确是辜负了全国父老之重托。
林纾在1919年3月18日北京的《公言报》上发表致蔡元培公开信,就是当时有名的《致蔡鹤卿书》。林书主要向蔡提出两点责难.其一是蔡氏所掌北京大学教学内容有"覆孔孟,铲伦常";其二是尽废古书,用方言。
林纾说得不好听，但蔡元培并不以为是恶意，因为冷静想想，蔡元培似乎也承认新文化运动也不是没有问题。但是，据说，真正让蔡元培生气的是张厚载。
张厚载是北大在校生，却在这个时候给蔡校长发来一封很不客气的信。信中说了两层意思，第一，他告诉蔡校长，《新申报》所载林琴南先生的小说，是从我这里转寄的。现在还有一篇攻击陈独秀、胡适之两先生的小说